Après environ 4 heures d'incubation, les cellules du blastoderme subissent des mouvements coordonnés qui marquent le début de la gastrulation. Deux zones se distinguent par leur texture ; l'aire opaque, périphérique qui entoure l'aire pellucide, centrale (Fig.3).

Figure 3. Début des mouvements de la gastrulation. Formation de la ligne primitive.

A l'un des pôles de l'aire pellucide, un épaississement, appelé croissant de Koller, annonce la formation de la ligne primitive, (équivalent du blastopore des amphibiens). Le blastoderme montre alors une polarité antéropostérieure, sachant que le croissant de Koller marque la région postérieure de l'embryon. La ligne primitive s'allonge le long de l'axe antéropostérieur et se termine antérieurement par un renflement appelé le noeud de Hensen, (équivalent de l'organisateur de Spemann des amphibiens) bien visible à 16 heures d'incubation (Fig.4). 

Figure 4. 16 heures d'incubation	Figure 5. 18 heures d'incubation

A partir de la 18ème heure d'incubation, le noeud de Hensen recule et la ligne primitive régresse (Fig.6).

Figure 6. Régression de la ligne primitive.

Simultanément, en avant du noeud de Hensen, se forme un épaississement mésodermique appelé le prolongement céphalique correspondant à la formation de la chorde sous l'ectoderme antérieur. De la même manière, de part et d'autre de la ligne primitive, des épaississements en nappes révèlent la mise en place du mésoderme latéral et latérodorsal sous l'ectoderme latéral. La limite antérieure de ces tissus laisse une région plus claire appelée "proamnios" (Fig5).

La ligne primitive et le noeud de Hensen sont le siège de mouvements d'immigration cellulaire qui conduisent à la mise en place du feuillet mésodermique en position intermédiaire entre l'ectoderme superficiel et l'endoderme profond (Fig7).

Figure 7. Une coupe transversale à 18 heures d'incubation permet de voir l'organisation des feuillets