Au cours de la gastrulation, l'extention de la matrice extracellulaire reflète les mouvements d'épibolie de l'ectoderme. A ce stade, elle se trouve "coincée" entre l'ectoderme dorsal et le chordomésoderme invaginé. Ventralement, le blastocoele subsiste à l'état résiduel. A la fin de la gastrulation, toute la matrice extracellulaire issue du plafond du blastocoele sera recouverte par du mésoderme aussi bien dorrsalement que ventralement.