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>Formation
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2006 : Diplôme
d'Habilitation à Diriger des Recherches
(HDR), Université Pierre
et Marie Curie. Sujet : l'Imagerie 3D
Biologique,
soutenue le 14 décembre devant le jury composé de : N.
Boisset, N.
Bonnet, F. Couraud, J. Gellin et G. Raposo.
1999 :
Stage post-doctoral,
Université Pierre et Marie Curie, Base de
données d'images échographiques.
1997-1998 : Stage post-doctoral,.Université
d'Oxford
(Royaume-Uni), Département de Zoologie,
Sujet: Etude de la
compression vidéo en
Biologie dans le cadre du projet européen
BioImage, visant
à créer une base de données en microscopie pour
les images 3D et les
vidéos en biologie.
1994-1997 : Thèse Informatique Appliquée à
la
Biologie, Université Pierre et Marie Curie.
Sujet : Analyse
morphologique de la glande
sécrétrice de chitine chez Riftia
pachyptila. Soutenance Juin
1997, mention très
honorable.
1994-1996 : Licence de Biologie, Université Paris 7.
1992-1993 : DEA Vision artificielle,
Université Nice
Sophia-Antipolis, mention Bien.
Stage : Outil de
segmentation pour les
images de cortex humain.
1990-1992 : Maîtrise de Mathématiques, Université
Paris 7 .
1988-1990 : Classe préparatoire aux grandes écoles
scientifiques.
Juin 1988 : Baccalauréat scientifique C, mention Bien.
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>Publications
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- 2011
S. Halary, S.
Duperron et T. Boudier. A
direct image-based correlative microscopy
technique for coupling
identification and structural investigation of
bacterial symbionts
associated with metazoans. AEM. (pubmed)
- 2010 : E.
Iannuccelli, F. Mompart, J. Gellin, Y. Lahbib, M.
Yerle et T.
Boudier. NEMO: a tool for
analyzing gene and chromosome territory
distributions from 3D-FISH
experiments. Bioinformatics
Jan.
14.
(pubmed)
(pdf)
- 2009 : P.
Fechner, T.
Boudier, S. Mangenot, S.
Jaroslawski, J. N. Sturgis, S. Scheuring. Structural
information,
resolution and noise in high-resolution atomic force
microscopy
topographs. Biophysical
Journal, 96(9):3822-31.
(pubmed)
- 2008 : I.
Hurbain,
W.J.C. Geerts, T.
Boudier, S.
Marco, A. J.Verkleij, M. S. Marks, G. Raposo.
Electron Tomography of
early melanosomes : Implications for melanogenesis
and the generation
of fibrillar amyloid
sheets. PNAS
105(50):19726-31. (pubmed)
- 2008 : S.
Halary,
V. Riou, F. Gaill, T.
Boudier,
S. Duperron. 3D FISH for the quantification of
methane- and
sulphur-oxidizing
endosymbionts in bacteriocytes of the hydrothermal
vent mussel Bathymodiolus
azoricus. ISME J, Mar;2(3):284-92.
(pubmed)
- 2007 : C.
Messaoudi, T.
Boudier, C. O.
Sanchez Sorzano, S. Marco. TomoJ: tomography
software for 3D
reconstruction in transmission electron
microscopy. BMC
Bioinformatics, Aug
6;8(1):288. (pubmed)
(pdf)
- 2007 : L.
Siksou,
P. Rostaing, J.-P. Lechaire, T.
Boudier, T. Ohtsuka, A. Fejtova, H.T. Kao,
P. Greengard, E. D.
Gundelfinger, A. Triller, S. Marty.
Three-dimensional architecture of
presynaptic terminal cytomatrix. Journal
of
Neuroscience, Jun 27;
27(26):6868-77. (pubmed)
- 2007 :
S.
Scheuring, T.
Boudier, J. N.
Sturgis. From high-resolution AFM topographs to
atomic models of
supramolecular assemblies. J
Struct Biol. Feb 17. (pubmed)
- 2006: P.
Rostaing,
E. Real, L. Siksou, J.-P. Lechaire, T.
Boudier, T. M. Boeckers, F. Gertler, E. D.
Gundelfinger, A.
Triller, S. Marty. Analysis of synaptic
ultrastructure without
fixative using high-pressure freezing and
tomography. Eur.
Journal of Neuroscience,
24:3463-74.(pubmed)
- 2006
: C. Messaoudi, N. Gareau de Loubresse, T. Boudier, P.
Dupuis-Williams, S. Marco.
Multiple-axis tomography : applications to basal
bodies from Paramecium
tetraurelia.Biol.
Cell. 1;98(7):415-25.
(pubmed)
- 2006
: M. Gué, J.S Sun, T.
Boudier.
The most frequent MLL translocation t(4;11)(q21;q23)
is not directly
correlated to spatial proximity of loci in
interphase cells.BMC
Cancer 6:20. (pubmed)
(pdf)
- 2005
: M. Gué, C. Messaoudi, J.S. Sun, T.
Boudier.Smart
3D-FISH : Automation of the distances analysis in
nuclei of
interphase cells by image processing. Cytometry
A. Sep;67(1):18-26. (pubmed)
- 2005
: M.
Gué, S. Marco, A. Croisy, J-L. Rigaud, T.
Boudier.
Integrative Imaging : a
new challenge for cell biology. Imaging
and
Microscopy, Aug, Vol. 7,
51-53. (pdf)
- 2005
: T.
Boudier, J.P.
Lechaire, G. Frebourg, C. Messaoudi, C. Mory, C.
Colliex, F. Gaill, S.
Marco A public software for energy filtering
transmission electron
tomography (EFTET-J): application to the study of
granular inclusions
in bacteria from Riftia
pachyptila. J Struct Biol.
Aug;151(2):151-9. (pubmed)
- 2004
: S.
Marco, T.
Boudier, C. Messaoudi, J.L.
Rigaud. Electron tomography of
biological
samples. Biochemistry,
69
, 1219-25. (pubmed)
(pdf)
- 2003
: C. Messaoudi, T. Boudier,
J.P.
Lechaire, Jean-Louis Rigaud, Hervé Delacroix,
Françoise
Gaill, Sergio
Marco. Use of cryo-negative staining in tomographic
reconstruction of
biological objects: application to T4 bacteriophage.
Biol. Cell.
95 pp.
393-398. (pubmed)
- 2000 :
T. Boudier, D. Shotton. VIDOS :
a
client system for editing and customizing digital
videos before
downloading from a distant server. Computer
Networks 34, 931-944.
- 1999
: T. Boudier, D. Shotton.
Dépot de
brevet pour
un outil vidéo sur Internet, VIDOS : Video
Downloading
Specification
System. (British Patent Application Number
9824783.6).
- 1999
: J. M. Carazo, E Stelzer, A. Engel, I. Fita,
C. Henn, J. Machtynger, P. McNeil, D. Shotton, M.
Chagoyen, P. A.
Alarcon,
S. Lyndek, R. Fritsch, B. Heymann, S. Kalko, J.-J.
Pittet, P.
Rodriguez-Tome, T. Boudier.
Organising multidimensional
biological image information: The BioImage Data.
Base. Nucl. Acid
Res.,
27, 280-283. (pubmed)(pdf)
- 1999
: T. Boudier, D. Shotton. Video
on the
internet: A guide to the digital encoding and
transmission of moving
image data. Journal
of
Structural
Biology, 125,
133-155. (pubmed)
- 1999
: T. Boudier, D. Shotton.
Vidéos en
biologie
pour une base de données sur Internet.
Innov. Techn. Biol. Med,
20(1), 51-57.
- 1997
: T. Boudier, F. Gaill, A.
Strauss. 3D
Analysis and reconstruction of the chitin secreting
gland of Riftia
pachyptila. Journal
of Biological Systems, Vol
5(4), pp. 445-456.
- 1997
: T. Boudier. Elaboration d'un
modèle de
déformation pour la segmentation de formes aux
contours
complexes. Innov.
Tech. Biol. Med.,
Vol.
18(1), pp. 1-14.
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>Encadrement
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- 2011 : Marouen Bouazzi, Stage M2 Informatique P5,
"Analyse spatiale 3D et mereotoplogie".
- 2011 : Auguste Bonnin, Stage M2 Informatique UPMC,
"Outils pour l'analyse 3D/4D".
- 2010- : Jean Ollion, Thèse Iviv, "Séquences d'ADN
répétées
et organisation du noyau".
- 2010 : Brahim Amairi, M2 Informatique P5, "Analyse
de la
morphologie tridimensionnelle de la synapse
neuronale".
- 2010 : Dimitri Fabrèges, Stage M1 BMC,
"Modélisation de la
dynamique de l'actine".
- 2008 : Maël Donoso, Stage M1 BIP,
"Tomographie
électronique du noyau supra-optique".
- 2007 : Thomas Lelli, Ingénieur ENSEA, "Outils de
pilotage
et d'analyse en microscopie".
- 2006 : Nicolas chevalier, Master Ingéniérie
Mathématiques,
"Outils de visualisation 3D".
- 2005-2008 : Sébastien Halary, Thèse Interbio,
"Etude des
symbioses de
mytilidés des écosystèmes marins profonds à base
chimiosynthétique par des techniques de FISH, de
microscopie et de
traitement d’images".
- 2003-2006 : Cédric
Messaoudi, Thèse Informatique
Appliquée à la Biologie, "Application de la
tomographie
électronique à l'étude des structures
centriolaires".
- 2003 - 2005 : Michaël
Gué, Thèse Biophysique, "Etude
des translocations dans les leucémies infantiles".
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Page
personnelle de Thomas
BOUDIER 