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ADN mitochondrial, H. sapiens et H. neanderthalensis : séquences utilisables

Gilles Furelaud

I- Téléchargement

Le thème d'étude suivant est ouvrable sous Anagène (version 1 ou supérieure) :

D-loop.edi

Voir ci-dessous le descriptif des séquences présentes dans ce fichier, l'utilisation que l'on peut en faire, ainsi que les références de ces séquences.
Pour visualiser ces séquences, on peut utiliser le logiciel Anagène, distribué par le CNDP.

II- Explications du fichier

Le fichier D-loop.edi, une fois ouvert sous Anagène, présente 9 séquences d'ADN mitochondrial. Ces séquences proviennent d'Homo neanderthalensis et d'Homo sapiens fossiles, ainsi que d'Homo sapiens modernes. Elles correspondent soit à la région hypervariable 1, soit à la région hypervariable 2 de laboucle D de l'ADN mitochondrial (voir le document principal pour une description du génome mitochondrial sous forme d'un schéma, et l'explication des découvertes réalisées à partir de ces séquences). La datation approximative des specimens d'où ont été extraits les ADN mitochondriaux est indiquée.

Il est à noter que les séquences hn-D1-1997.adn et hn-D2-1999.adn proviennent du même individu. Il s'agit de l'individu type de l'espèce Homo neanderthalensis. De même, les séquences hn-D1-2000.adn et hn-D2-2000.adn proviennent du même individu.

III- Utilisations possibles

Ces séquences peuvent être utilisées de différentes façons. Sans rentrer dans les détails, voici quelques grandes pistes d'utilisation :

• Alignement des 6 séquences de la région hypervariable 1 (D1) : mise en évidence de l'homologie entre H. neanderthalensis et H. sapiens.
• Alignement des 2 séquences D1 d'H. neanderthalensis, puis des 4 séquences D1 d'H. sapiens : mise en évidence de la très forte homologie au sein de chaque espèce. A noter la très forte homologie entre H. sapiens actuel et H. sapiens fossile (specimens type Cro-Magnon).
• Alignement d'une séquence D1 d'H. neanderthalensis avec une séquence D1 d'H. sapiens : mise en évidence d'un plus grand nombre de différence entre les espèces qu'au sein de chaque espèce.
• Alignement des 3 séquences de la région hypervariable 2 (D2) : mise en évidence d'une forte homologie au sein des H. neanderthalensis, la séquence d'un Homme actuel étant divergente.
• etc...

IV- Références

(1) GenBank : AF011222. Article : "Neandertal DNA sequences and the origin of modern humans", Krings et al., Cell 90 (1997), 19-30.
(2) GenBank : AF282971 et AF282972. Article : "A view of Neandertal genetic diversity", Krings et al., Nat. Genet. 26 (2000), 144-146
(3) GenBank : AY283028 et AY283027. Article : "Evidence for a genetic discontinuity between Neandertals and 24,000-year-old anatomically modern Europeans", Carameli et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100 (2003), 6593-6597. Article disponible en texte intégral gratuit.
(4) GenBank : MTHSAS. Séquence publiée en 1999.
(5) GenBank : HUMMTCG. Compilation de diverses séquences publiées de 1979 à 1991.
(6) GenBank : AF142095. Article : "DNA sequence of the mitochondrial hypervariable region II from the neandertal type specimen", Krings et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96 (1999), 5581-5585. Article disponible en texte intégral gratuit.

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Professeur Lafleur

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