TD DOB Système

TD 1

Pour afficher du texte : echo texte

Regarder le nom de votre répertoire courant : pwd

Lister le contenu du répertoire courant : ls

Lister avec le détail : ls -l

1. Lister tous les fichiers : ls -a, quels sont les fichiers qui sont apparus ?

2. Comment faire la même chose sous votre explorateur ?

3. Comment faire afficher les détails des fichiers caches ?

Pour afficher en couleur : ls -‑color

4. Pour afficher par type : ls -F, comment apparaissent les répertoires ?

Pour voire le contenu d'un fichier : more fichier, puis <Enter> ou <space> pour le faire défiler, /motif pour rechercher une motif de caractères et q pour quitter.

5. Essayer la commande : cat fichier, quelle est la différence avec more?

Pour voir tous les fichiers qui comment par r de n'importe quelle extension : ls r*.*

6. Lister tous les fichiers caches qui finissent par rc

Pour avoir de l'aide sur une commande : commande --help

Pour afficher le manuel sur une commande : man commande, voir more pour faire défiler l'aide

7. Dans l'aide de ls chercher a quoi correspond l'option -R et la tester.

Pour terminer une commande : Ctrl-C

Pour changer de répertoire : cd nom_repertoire

Aller dans le répertoire td_tob et lister son contenu

Pour revenir au répertoire du dessus : cd ..

8. Déplacer vous jusqu'au répertoire racine et lister son contenu, combien de repertoires ?

Pour revenir a votre répertoire : cd

Pour créer un répertoire : mkdir nom_repertoire

9. Créer un répertoire dans votre repertoire, en creer un a la racine, que se passe-t-il ?

Copier un fichier : cp fichier1 fichier2

Déplacer un fichier : mv fichier1 fichier2

10. Copier un fichier dans votre répertoire test

Pour supprimer un répertoire : rmdir nom_repertoire

11. Essayer de supprimer votre répertoire test, que se passe-t-il ?

Pour supprimer un fichier : rm fichier

12. Comment faire alors pour supprimer votre répertoire ?

Pour compléter un nom de fichier ou un nom de commande taper le début du nom puis <Tab> et l'ordinateur la complètera si possible, en tapant auparavant set autolist, il indiquera la liste des noms possibles; pour rappeler une commande, utiliser la flèche vers le haut.

13. Chercher toutes les commandes qui commencent par x, y et z.

Par défaut l'entrée standard d'une commande est le clavier et sa sortie est l'écran. On peut changer l'entrée et/ou la sortie par des redirections : entrée > , sortie > et >>.

14. Essayer la commande cat seule, que se passe-t-il quand vous rentrez un mot et taper sur entrée ( Ctrl-D pour terminer ) ?

15. Essayer cat > fichier puis cat >> fichier et enfin cat < fichier, comment ca marche ?

16. Comment sauvegarder le contenu d'un répertoire dans un fichier ? Et le contenu de tous vos répertoires ?

17. Dans ce fichier, chercher les fichiers .kwd (i.e. fichiers provenant de Kword)

Pour trouver toutes les lignes contenant le motif "motif" dans un fichier : egrep motif fichier

18. Dans le fichier chercher les fichiers .sdw

TD 2

Pour combiner deux commandes : | , par exemples "ls -l" avec "more" : ls -l | more

tester ls -l | more et ls -R | more.

Pour lister que certains fichiers et répertoires le contenu d'un répertoire : ls expression

ou dans l'expression :

* : remplace une suite de lettres

? : remplace une seule lettre

[ab] : soit a soit b

[a-d] : intervalle a-d

1. Lister tous les fichiers riftia1,2 et 3.

2. Lister tous les fichiers qui comportent un r ou un s dans leur nom.

Les permissions : ls -l pour voir le detail des fichiers

drwxrwxrwx : d = directory ou - = fichier r = read w = write x = execute

les 3 premiers rwx pour l'utilisateur, les 3 seconds pour le groupe et les troisièmes pour les autres.

3. A qui appartiennent vos fichiers, dans quel groupe, qui peut les lire ?

4. Vérifier que vous pouvez lire les fichiers des voisins, mais pas les effacer.

Pour changer le mode d'un fichier ou répertoire : chmod qui+-permission ou qui est soit u (utilisateur), g(groupe) , o(otres) et a(all), et + ou - pour ajouter ou enlever une permission, et la permission est soit r(read), w(write) ou x(execute).

5. Remonter dans le répertoire boudier et essayer d'aller dans le répertoire private. Quelles sont ses permissions ? De même dans votre répertoire faites un répertoire private.

6. Aller dans le répertoire public de boudier, copier, supprimer ou déplacer un fichier. Quelles sont les permissions ? De même dans votre répertoire créer un répertoire public. Tester votre private et public en demandant a votre voisin de venir y effacer quelque chose.

Pour lancer une application : nom de l'application. Dans ce cas le syteme cherche dans un ensemble de répertoires (le path) si il y a une application de ce nom la.

Pour savoir ou se trouve une commande ou application : which commande

7. Ou se trouve ls, more, kedit et xeyes ?

Pour afficher le path : echo $path, vérifier que les commandes précédentes se trouvent dans le path.

8. lancer kedit, pouvez vous taper une autre commande ?

Quitter kedit.

9. Taper kedit&, que se passe-t-il ?

10. Quitter kedit. Taper kedit, la fenêtre terminal est bloquée, taper ctrl-Z, pouvez vous utiliser kedit ?

Taper bg.

kedit passe en tache de fond. On peut utiliser le terminal et kedit en même temps.

11. Avec kedit taper la commande pour écrire bonjour et le nom de l'utilisateur ($user), puis la commande pour la liste en couleur du répertoire, sauver le fichier et exécutez-le.

Chaque commande ou application lancées génèrent un process de l'ordinateur caractérisé par un numéro unique. Pour lister la liste des process utilisateurs : ps

1. Quelles sont les options de ps pour voir tous les processus avec le d‚tail ?

2. Chercher tous les processus correspondants … un terminal (utiliser egrep)

3. Lancer 2 ou 3 applications, et regarder qu'elles figurent dans la liste des process.

Pour tuer une application : kill numero_application

4. Tuer les 2 ou 3 applications lancées.

5. Essayer de tuer un processus qui appartient a root. Que se passe-t-il ?

6. Chaque processus possède un processus parent, si vous lancer kedit, qui est le processus parent (PPID).

Chaque processus utilise l'unité centrale pour travailler, pour voir les process les plus gourmands : top, taper h lorsque top est lance pour voir les options d'affichage.

7. Comment lister par numéro de process, par %memoire, par %cpu. Quelles ont les applications les plus gourmandes en CPU et en mémoire ? Qui est le premier processus ?

TD 3 - 4:

Suite des process:

Rappel ce cours sur les process:

ps : liste des process,

kill :

lancer xeyes, xclock, kedit en tâche de fond, les "killer" après un ps.

1. Lancer top: (taper 'h' pour avoir l'aide). "man top" pour avoir l'aide sur les commandes.

2. Lancer l'application graphique ktop, comment voir par %cpu et %mémoire ?

3. En cliquant sur arborescence, regarder l'arborescence des processus, et vérifier que ktop a bien été lancé depuis un terminal.

4. A partir de ktop essayer de tuer certains processus et ktop lui même.

FTP: file tranfer protocol. Permet de télécharger/déposer un fichier sur une machine distante. Il faut avoir un compte sur la machine OU BIEN que le serveur accepte les connexions anonymes: en ce cas, le nom d'utilisateur a fournir est "anonymous" (ou "ftp") et le mot de passe est votre adresse email. Les ftp anonymes fournissent en général du logiciel libre (exemple: distributions de linux), et des fichiers d'intérêts particuliers (exemple: banques de données de séquences biologiques, images, mp3...).

Recherche par ftp d'une séquence biologique (si ftp ne marche pas, essayer s5ftp: le cicrp empêche les sorties non contrôlées, s5ftp permet de contrôler les sorties (serveur socks). Il existe de même un s5telnet.

Session ftp:

ftp ftp.infobiogen.fr

user: anonymous

passwd: [monlogin]@cicrp.jussieu.fr

Après la connexion, le déplacement sur la machine distante se fait avec les commandes usuelles UNIX (cd, ls, pwd,...). Par contre, les ordres spécifiques à ftp pour les transferts de fichiers sont:

>put <nom_de_fichier>

>get <nom_de_fichier>

Le type de fichier a transférer doit être notofié à ftp:

binary : pour les fichiers de type binaire (executables, images,...)

ascii : pour les fichiers de type texte

Ceci est du au fait que les fichiers textes ne sont pas les mêmes selon les machines, et que ftp opère une transformation sur les fichiers textes selon le type de la machine de réception (code sur 7 bits, et le 8ème est spécifique de la machine).

Pour se déplacer sur la machine locale, "lcd" (pour "local cd") permet de se déplacer dans vos répertoires, alors que "cd" vous permet de vous déplacer sur la machine distante.

Le "!" permet de donner une commande UNIX locale (c'est comme si on sortait temporairement du ftp). On crée un répertoire "sequence" chez nous.

>! mkdir sequence

>lcd sequence

On se déplace pour trouver le répertoire sur pasteur qui nous intéresse:

> cd /db/embl/EB_70/

> ls # remarquer

> ascii

> get gss_other.dat

> bye # permet de quitter la session ftp

Regarder avec more (ou less) le fichier gss_other.dat (l'extension .dat signifie souvent données (data) textuelles (notamment pour les banques de séquences biologiques). Un fichier .dat est un fichier ascii contenant les séquences et leurs annotations. (on peut parler du séquençage humain). Le préfixe gss indique que les données sont sorties du programme GenomeScan (qui trouve les séquences codantes sur une séquence d'ADN eucaryote). "other" indique qu'il s'agit des "autres" organismes (autre que hum (humain), rod (rodent: rongueurs), inv: (invertébrés))

> more gss_other.dat

Repérer les entrées et les champs (vocabulaire, dans une banque ou base, un entrée (entry) est une entité ou une fiche, un champ (field) est un attribut d'une entité, toutes les entrées ont des champs homologues. Exemple: fichier de clients d'une entreprise, un client donné est une entrée, les champs sont: nom, adresse, montant dernière facture, numéro de compte).

Ici on peut repérer les champs:

- Qu'est ce qui sépare les entrées entre elles.(début ID, fin "//")

Principaux champs: ID identificateur, DE description, OS organisme source de la séquence, OC organism classification (branche totale de l'arbre phylogénétique), FT feature, SQ séquence

Vérifiez que la recherche est sensible à la "casse" des caractères (majuscules, minuscules).

Rechercher le mot "DE",

> egrep DE gss_other.dat

> egrep DE gss_other.dat | more

TD4: (début probable)

continue egrep:

> egrep RA gss_other.dat | more

Ca ne va pas pour avoir seulement les identificateurs RA, pourquoi ? (parce que RA existe aussi dans les lignes d'autres champs.

> egrep '^RA' gss_other.dat | more

> On cherche les noms des genes de la sequence et les mettre dans un fichier.

> Pour les trier on peut utiliser la commande sort.

> egrep '^RA' gss_other.dat

> egrep '^RA' gss_other.dat | sort

différence apportée par 'sort' ?

il y a plusieurs auteurs (combien?), faire:

> egrep '^RA' gss_other.dat | sort | uniq

que se passe t'il ?

>wc gss_other.dat

Que fait wc ? regarder le 'man' (man wc) pour trouver l'option pour n'avoir que le nombre de ligne.

Combien y'a t'il d'auteurs différents ?

soluce: On applique cela à la commande d'avant.

> egrep '^RA' gss_other.dat | sort | uniq | wc -l

Combien chaque auteur apparaît-il ? (man "uniq")

soluce: > egrep '^RA' gss_other.dat | sort | uniq –c

En utilisant les commandes précédentes, trouver le nombre de séquences.

>egrep '^SQ' gss_other.dat | wc -l

On a vu que "egrep" trouvait les expressions régulières. On a vu seulement "^" qui indiquait un début de ligne. C'est un métacaractère.

métacaractères classiques :

· . n’importe quel caractère

·  ? 0 ou 1 fois le caractère précédent

· * 0 ou plusieurs fois le caractère précédent

· + 1 ou plusieurs fois le caractère précédent (pas toujours présent selon le programme°

o A+ équivaut à AA*

· [] désigne une classe de caractères considérés comme équivalents. Dans les crochets deux caractères acquièrent une signification particulière :

o – intervalle [0-9 A-Z]

o ^nie une classe de caractères [^0-9] ne concorde avec aucun nombre

· ^ début de ligne

· $ fin de ligne ^$ concorde avec les lignes vides c’est-à-dire les lignes avec seulement un retour chariot (pas d’espace)

· \ annule la signification du métacaractère suivant \\ correspond au caractère \ lui-même.

Métacaractères des expression étendues

· {} indique un certain nombre d’occurrences du caractère précédent b{2,5} correspond à bb, bbb,bbbb,bbbbb

· () groupement d’expression vu avec le | qui signifie ou

A(ATG|TTG)G signifie A sui vi de ATG ou TTG puis G

Tester les commandes suivantes, déduire ce que font les expressions régulières employées ? Discerner dans les expressions les métacaractères.

> egrep '^R.' gss_other.dat

> egrep '[agct]' gss_other.dat

> egrep '[AGCT]' gss_other.dat

> egrep '[AGCT]{2}' gss_other.dat

> egrep '[A-Z]' gss_other.dat

> egrep '[0123]' gss_other.dat

> egrep '[0-9]' gss_other.dat

> egrep '[agct]+' gss_other.dat

Avec les expressions régulières ci dessus, comment faire pour extraire seulement les lignes de séquences ? (sans utiliser le fait que les séquences débutent par un blanc).

> egrep '[agct ]+ [0-9]+$' gss_other.dat

Tester sed qui remplace un motif (exprimé en expression régulière) par un autre

> sed –e '[agct]'+ [0-9]+$' gss_other.dat

($$$ a finir joel $$$)

- telnet: