MAITRISE DE BIOLOGIE
DES POPULATIONS ET DES ECOSYSTEMES

BASES GENETIQUES DE LA BIODIVERSITE
Responsables : T. ROBERT ; D. HIGUET, Maître de Conférences

Renseignements
Secrétariat de Génétique – Bâtiment B – 3ème étage
Tél : 01 44 27 21 27

Programme

Le terme de la biodiversité traduit l'existence d'une variabilité tant inter spécifique qu'intra spécifique. S'intéresser à la biodiversité c'est tenter de comprendre les mécanismes qui la génèrent, ainsi que ceux qui permettent son maintien et/ou son évolution. Après un rappel des différents types de polymorphisme du phénotype au moléculaire, les points suivants seront abordés : (1) Etude des mécanismes qui génèrent et maintiennent le polymorphisme ; (2) Organisation et évolution de la diversité dans les complexes d'espèces ; (3) Valorisation de la biodiversité ; (4) Introduction à la biologie de la conservation et (5) Diversité des populations humaines.

Cours : 60h TD : 31h TP : 12h Analyses bibliographiques : 10h
Conférences (communes avec d’autres modules de génétique) : 12h
Les enseignements sont regroupés sur 3 demi-journées par semaine.

Pré-requis conseillé

Licence de Biologie Cellulaire et Physiologie, Licence de Biologie des Populations et des Ecosystèmes. Bon niveau en Génétique.

DEA ou DESS pour lequel ce module est conseillé

DEA :  Biologie, Diversité et adaptation des plantes cultivées
Biodiversité : Génétique, Histoire et mécanismes de l’Evolution
DESS :  Gestion de la Biodiversité. Méthodologies d’étude et de valorisation des Ressources Génétiques.
Différents DEA et DESS de Génétique ou Evolution

Documents à fournir pour l’inscription à ce module

CV, relevés de notes du DEUG et de la licence, lettre de motivation
 
 
 SOMMAIRE
Tronc Commun Biologie Animale Biologie Végétale Ecologie Générale Ecologie Marine Systématique, Biodiversité et Evolution Informations Générales Modules optionnels Le programme de chaque module

BIODIVERSITE ANALYTIQUE ET FONCTIONNELLE
Options : benthos (Roscoff) et pelagos (Villefranche)

Responsables
- Option benthos : François LALLIER, MCU, Station Biologique de Roscoff
- Option pelagos : Rodolphe LEMEE, MCU, Observatoire Océanologique de Villefranche

Renseignements
Service d'Océanologie Biologique, Bat. A, 4° étage, porte 425
Tél: 01 44 27 31 48 ; Fax: 01 44 27 52 50 ; E-mail: oceanobio@snv.jussieu.fr
Pages web: option benthos (http://www.sb-roscoff.fr/DPTENS/l) ;
option pelagos(http://www.obs-vlfr.fr/~enseigne/enseig_oov.htm)

Programme

Objectifs
L'enseignement dispensé au cours du module BAF permet aux étudiants d'acquérir (1) une compétence concernant l'identification, les adaptations et le mode de vie des espèces animales et végétales caractéristiques du milieu marin et (2) une pratique des outils nécessaires à la compréhension du fonctionnement des écosystèmes marins.
Ce module est composé de deux options (étude des organismes et des systèmes benthiques ou pélagiques).
Ces options sont organisées dans deux Stations Marines différentes en fonction de l'environnement scientifique et de la disponibilité du matériel vivant :
- L'option benthos se déroule à Roscoff et s'appuie sur la richesse floristique et faunistique et sur la diversité des milieux marins accessibles dans la région (estran, estuaire, Baie de Morlaix...). Les connaissances théoriques, les travaux de terrain et de laboratoire se complètent pour permettre aux étudiants d'acquérir une pratique de l'interprétation des conditions écologiques et du mode de vie des organismes dans l’environnement côtier.
- L'option pelagos se déroule à Villefranche, où le domaine pélagique, aisément accessible, est très diversifié (systèmes côtier, frontal et hauturier). Ces systèmes sont bien connus et décrits tant dans leurs biodiversités que dans leurs fonctionnements. Plusieurs groupes de recherche locaux et des services d'observation travaillent dans le domaine pélagique et apportent un environnement scientifique particulièrement favorable au transfert de connaissances.
Tronc Commun (Campus Jussieu, 12 heures de cours) :
1 -  Systématique et Phylogénie: généralités, métazoaires, algues (6h)
2 - Biodiversité: approches taxonomiques et fonctionnelles (3h)
3 - Stratégies d'échantillonnage en milieu marin (3h)

Option benthos (Station Biologique de Roscoff)
· Ecologie (15 h)
 - Les différents types de milieux littoraux et côtiers : conditions écologiques en Manche, influence de la marée, étagement littoral, substrats rocheux et sédimentaires, estuaires,....
 - Rôle et place du phyto et zoo-benthos dans l’environnement côtier : caractéristiques des populations/systèmes benthiques, réseaux trophiques du micro- au macro-benthos.
· Zoologie (38 h)
 Diversité structurale et fonctionnelle, systématique et phylogénie, principales adaptations liées à la diversification des modes de vie des groupes suivants : Spongiaires, Cnidaires, Mollusques, Annélides, Crustacés, Bryozoaires, Echinodermes, Ascidies.
· Phycologie (20 h)
 Diversité biochimique, cytologique et strcuturale des macrophytes (Rhodophytes, Chlorophytes et Fucophycées) et du micro-phytobenthos (Diatomées et Dinophycées). Cycles de vie et reproduction, systématique et phylogénie.
· Terrain (40 h)
Sorties journée ou demi-journée sur le terrain (6-7 sorties sur l’estran, 1 sortie en bateau).
Cet enseignement donne naturellement une priorité aux travaux de terrain et de laboratoire qui doivent amener chaque étudiant, en intégrant les connaissances théoriques, à une compréhension et une interprétation des grands traits de l’écologie benthique côtière.

Option pelagos (Observatoire Océanologique de Villefranche)
L'option est organisée autour de trois chapitres :
· Producteurs primaires et compartiment microbien (44 heures).
Diversité structurale et fonctionnelle des groupes suivants : Diatomées, Dinophycées, Bactéries, Flagellés et Ciliés. Méthodes de dénombrement et mesure de l'activité.
· Producteurs secondaires et réseaux trophiques (44 heures).
Diversité des structures de nutrition et des stratégies de reproduction des groupes suivants : Cnidaires, Cténaires, Crustacés, Mollusques, Tuniciers, Annélides, Chétognathes. Etude des migrations verticales des Crustacés.
· Fonctionnement des écosystèmes pélagiques (25 heures).
Diversité des voies de circulation de la matière dans les réseaux trophiques, estimation des stocks et des flux, cycles biogéochimiques, bilan énergétique, modélisation.

Les deux premiers chapitres ont pour objectif (1) de donner aux étudiants une vision concrète de la diversité des organismes pélagiques et des adaptations morphologiques et physiologiques à la vie en pleine eau et (2) de manipuler les outils permettant d'estimer l'activité et la biomasse des différents compartiments biologiques au sein des écosystèmes. Le dernier chapitre permet d'intégrer les processus précédemment étudiés dans le fonctionnement global des écosystèmes pélagiques.
Les organismes pélagiques seront régulièrement récoltés, dans la rade de Villefranche et au large, avec la participation des étudiants.

Total horaire
Cours 33 h - TP 52 h - TD 40 h - Total 125 h

Calendrier
Tronc commun : 12 heures de cours sur le Campus de Jussieu lors du Module d'Océanographie Biologique
(3 h /semaine sur 4 semaines)
Options : 4 semaines en Station Marine au mois d'avril : 21 heures de cours, 52 heures de TP et 40 heures de TD.

Pré-requis conseillés
Licence de Biologie des Organismes

DEA ou DESS pour lequel ce module est conseillé
DEA : Biodiversité génétique, histoire et mécanismes de l'évolution ; Ecologie ; Océanologie biologique et environnement marin ; Physiologie des Invertébrés ; Sciences de l'Environnement Marin ; Environnement et Paléoenvironnement océaniques ; Biologie des Populations, Génétique et Eco-éthologie.
DESS : Gestion de la biodiversité ; Exploitations des ressources vivantes côtières.

Documents à fournir pour l’inscription à ce module
- une enveloppe à votre nom et adresse en janvier - février 2003.
- un timbre-poste à 0,69 Euro ou une valeur égale en Euros.
- une photo d’identité avec votre nom au dos.
- un relevé d’identité bancaire ou postal avec votre adresse.
- une attestation d’assurance de responsabilité civile à votre nom.
- la fiche d’inscription aux modules optionnels.
- la fiche d’inscription spécifique au module
 
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BIOLOGIE DE LA CONSERVATION ET GESTION
DES RESSOURCES BIOLOGIQUES
(Ecologie III)

Responsables
M.  LOREAU Professeur ; F.  SARRAZIN Maître de Conférences

Renseignements et inscriptions
F.  SARRAZIN Maître de Conférences
UPMC, 7 Quai Saint Bernard, Bât. A 7ème étage, porte 723
Tél : 01 44 27 32 13
(Consultez les affichages au Bât. A 7ème étage pour le contacter)

Programme
Cours :
Biodiversité, biologie des extinctions ; Dynamique et viabilité des populations menacées ; Dynamique des systèmes Ecologiques et Gestion de la biodiversité : dynamique et modélisation des métapopulations ; Biodiversité et fonctionnement des écosystèmes ; Génétique des populations réduites ou morcelées ; Gestion des ressources génétiques des populations sauvages et domestiquées, Aspects socio-économiques de la conservation et de la gestion des ressources biologiques; Ecologie de la restauration et réintroductions .

TD et conférences :
Problèmes d’estimation : nombre d’espèces vivantes, taux d’extinction des espèces, probabilité d’extinction des petites populations, Concepts importants en rapport avec le maintien de la biodiversité dans les systèmes Ecologiques (espèces clés de voûte, ingénieurs écologiques,...), Dynamique et Modélisation des populations Exploitées, Restauration d’Ecosystèmes et réintroduction d’espèces, Maintien des ressources génétiques, Institutions oeuvrant à la conservation de la biodiversité : conservatoires botaniques, organismes internationaux, Parcs et Réserves, Notion du droit de l’environnement

Calendrier des enseignements pour 2001/2002 :
cours : Mardi et jeudi 9h-12h
TD : Lundi ou vendredi 9h-13h
Stage de terrain de 4 jours en Mai au sein du Parc Naturel Régional de la Forêt d'Orient ou du Parc National des Cévennes

Pré-requis conseillé
Licence de Biologie des Organismes, Notions d’Ecologie

DEA ou DESS pour lequel ce module est conseillé
DEA d’Ecologie Paris 6 et autres universités
divers DESS Biodiversité ou Environnement

Documents à fournir pour l’inscription à ce module
Relevé des notes de DEUG et de Licence, CV, lettre de motivation
Lors de l’inscription définitive au module, une attestation de responsabilité civile et un chèque d'environ 60 euros seront demandés  pour la participation au stage.
 
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BIOLOGIE DES ORGANISMES MARINS
Responsables : Mme A. FIALA, Professeur ; E. THIEBAUT, Maître de Conférences




Adresse pédagogique
M. NIERGA, Laboratoire d'Océanographie biologique, Campus Jussieu, Bât. A, 4ème Etage, porte 425.
Tél. : 01 44 27 31 48 - Fax. : 01 44 27 52 50 - mail. : Oceanobio@snv.jussieu.fr

Répartition des enseignements
Les enseignements sont dispensés chaque année dans 2 des 3 Observatoires de Banyuls, Roscoff et Villefranche.
Cours : 40 h ; TD: 85 h.

Objectif
Ce module constitue une formation approfondie et spécialisée destinée principalement aux étudiants engagés dans les cursus d'Ecologie générale ou d'Océanographie. L'enseignement dispensé est une formation aux grandes fonctions et adaptations biologiques dans le milieu marin. Compte tenu de l'importance croissante de l'environnement marin dans les activités humaines, ce module peut être suivi par des étudiants d'autres spécialités.

Programme
Diversité structurale et fonctionnelle des Macrophytes. Particularités cytologique et biochimiques; autotrophie (pigments chlorophylliens et production primaire); biologie de la reproduction; stratégies adaptatives: epiphytisme, symbiose, parasitisme. Microbiologie marine. Morphologie et structure des Procaryotes; diversité du monde bactérien; types métaboliques (autotrophie, hétérotrophie) et biochimie. Diversité structurale et fonctionnelle des Invertébrés marins. Biologie de la nutrition (différents groupes et rôle dans les chaînes trophiques: filtreurs, dépositivores, carnivores); métabolisme respiratoire; cycles biologiques (plancton, macro- et méiobenthos); biologie du développement (reproduction sexuée et asexuée, bourgeonnement et vie coloniale, fécondation et développement embryonnaire, types larvaires et métamorphose); locomotion, organes sensoriels; interactions biologiques: parasitisme, commensalisme, symbiose. Biologie des Poissons. Différents groupes trophiques; cycles biologiques; migrations, reproduction.

Pré-requis conseillé
Connaissances élémentaires en biologie des organismes animaux et végétaux

DEA ou DESS pour lequel ce module est conseillé
DEA :  Océanographie Biologique et Environnement marin, Sciences de l’Environnement marin, Environnements et Paléoenvironnements océaniques, Physiologie des Invertébrés, Biologie des Populations, Génétique et Eco-éthologie
DESS : Exploitations des ressources vivantes côtières

Documents à fournir pour l’inscription à ce module
- une enveloppe à votre nom et adresse en janvier - février 2003.
- un timbre-poste à 0,69 Euro ou une valeur égale en Euros.
- une photo d’identité avec votre nom au dos.
- un relevé d’identité bancaire ou postal avec votre adresse.
- une attestation d’assurance de responsabilité civile à votre nom.
- la fiche d’inscription aux modules optionnels.
- la fiche d’inscription spécifique au module
 
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BIOLOGIE DU DEVELOPPEMENT

Responsables
T. DARRIBERE, D. DUNON

Renseignements :
Secrétariat :
Service d’Enseignement de Biologie du Développement
Nicole PERRET
Bât.C - 7ème étage - pièce 702, (accès C30)
9, quai St Bernard 75005 PARIS
Tél. :  : 01 44 27 34 36
 

Objectifs:
Ce module traite des bases conceptuelles et méthodologiques permettant de comprendre les processus qui sous-tendent l'embryogenèse.  L’enseignement présente les principaux modèles d'étude et les méthodes qui ont permis les grandes avancées actuelles dans le domaine du développement embryonnaire. L'accent est mis sur la complémentarité des approches de biochimie, de biologie cellulaire et moléculaire. Deux stages, l’un à Paris l’autre dans une des stations marine de l’Université sont organisés pour apporter une bonne connaissance descriptive et fonctionnelle des systèmes embryonnaires. Ils permettent également de s’initier aux techniques permettant d'appréhender les étapes clefs du développement en se situant aux  niveaux  moléculaire, génétique, cellulaire et tissulaire.

Programme
Cours : 50 h (lundi matin et vendredi après midi)

1-  Les principaux modèles de développement (15h)
L’embryon d’oursin : un modèle d’étude de la mise en place du mésoderme.
L’oeuf de drosophile : informations de position et segmentation.
L’embryon de xénope : déterminants maternels et spécification des axes.
L’embryon d’oiseau : un modèle d’étude des mécanismes de la morphogenèse.
L’embryon de souris : stades initiaux de l’embryogenèse et annexes embryonnaires.
(J.C. BOUCAUT, D. DUNON,  D. BUSSON,  B. MARO)

2-  Lignage cellulaire (15 h)
Méthodes d’études génétiques et cellulaires du lignage chez l’embryon de drosophile.
Lignages cellulaires chez Coenorabditis elegans.
Cartographie et lignage cellulaire chez les amphibiens.
Lignage cellulaire chez le poisson zèbre.
Analyse moléculaire du lignage cellulaire chez l’embryon de souris.
(H.BOULEKBACHE, D. BUSSON,  M. DELARUE, C. LAMOUR, J.F. NICOLAS)

3-  Contrôle de la morphogenèse (20 h).
Gènes homéotiques et diversité des plans d’organisation embryonnaires.
Les inductions embryonnaires
Cellules ES, cellules de carcinome embryonnaire. Exemples d’utilisation.
Ontogenèse du système nerveux central
Interactions épithélio-mésenchymateuses et organogenèse.
(T. DARRIBERE, J. DEUTSCH, M. MORANGE, F. POIRIER)

Calendrier prévisionnel des enseignements pour 2002/2003
Début des cours : Lundi 3 février 2003

Travaux dirigés et pratiques (75 heures)
L’enseignement de TD et TP est totalement intégré et harmonisé avec les cours. Il comprend :
TP -TD (25 heures) concentrées sur une semaine et consacrées à l’étude des différents modèles d’études du développement et du lignage cellulaire (2 groupes, du 17 au 21 mars 2003 et du 24 au 28 mars 2003).
TP - TD (25 heures) lors d’un stage d’une semaine se déroulant à l’Observatoire de Villefranche-sur-Mer, à la station biologique de Roscoff, et au Laboratoire Arago de Banyuls/mer. (du 10 au 15 Mars 2003) Les thématiques sont les suivantes : Développement des invertébrés marins,  synthèse protéique et divisions mitotiques au cours du développement précoce de l’oursin (Sphaerechinus granularis),  Développement des vertébrés et invertébrés marins.
TD (25 heures) repartis au long du semestre, les lundi et vendredi aux horaires des cours lorsqu’ils sont terminés. Les TD consistent en une activité orale et des travaux de groupe. L’activité orale est centrée sur l’analyse d’un article de recherche qui conduit l’étudiant à proposer un projet de recherche. Les travaux de groupes ont pour objectifs de faire le point sur une thématique de recherche. Ces activités sont encadrées par un tuteur.

Conférences : des conférences de personnalités extérieures, portant sur des sujets d’actualité ou d’intérêt général seront proposées.

Pré-requis conseillé
Module ouvert aux étudiants des Maîtrises de Biologie cellulaire et physiologie, de Biochimie, de Biologie des populations et des écosystèmes et aux étudiants du Magistère de Biochimie-Biologie.

DEA ou DESS pour lequel ce module est conseillé
DEA Biologie moléculaire et cellulaire du développement
DEA Physiologie des invertébrés
DEA Biologie moléculaire et cellulaire
DEA Biologie moléculaire de la cellule
 
 
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BIOLOGIE ET ECOPHYSIOLOGIE DES INSECTES
Responsable
Dr Martine Maïbèche

Renseignements :
Laboratoire de Physiologie Cellulaire des Invertébrés
12 rue Cuvier
75005 Paris
Tél: 01 44 27 65 86 - E-mail: martine.maibeche@snv.jussieu.fr et maibeche@versailles.inra.fr

Programme des Cours et TP-TD
Biosystématique des principaux ordres d’insectes : l’accent est mis sur l’évolution, les modes de vie et les aspects biologiques fondamentaux et appliqués.
Développement embryonnaire et post-embryonnaire, reproduction et cycles biologiques: stratégies adaptatives, contrôle hormonal, communication intra-spécifique.
Insectes sociaux: polymorphisme, communication, régulation.
Relations plantes-insectes: pollinisation, consommation, coévolution, aspects économiques et méthodes de lutte.
Insectes parasites: adaptations, cycles, spécificité et pathogénie, communication inter-spécifique, méthodes de lutte.

Conférences : des conférences de personnalités extérieures (INRA, Muséum d’Histoire Naturelle), portant sur des sujets d’intérêt général seront proposées.

Pré-requis conseillé
Module ouvert aux étudiants des Maîtrises de Biologie des populations et des écosystèmes, de Biologie cellulaire et physiologie, de Biochimie, et aux étudiants du Magistère de Biochimie-Biologie.

DEA ou DESS pour lequel ce module est conseillé
- DEA de Biologie Intégrée des Invertébrés
- DESS de Gestion, Contrôle et Conservation des Populations d'Insectes
3ème cycles de Biologie animale: écologie, éthologie, physiologie, biosystématique, environnement.
Formations de recherches agronomique (ENSA, ENGREF)

Documents à fournir pour l’inscription à ce module
Relevé des notes de Licence
 
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 BIOLOGIE ET ECOPHYSIOLOGIE DES VERTEBRES
responsable
Jacques CASTANET, Professeur




Renseignements
Bât A, 1er étage, porte 127
Tél : 01 44 27 31 22

Programme
Cours : Quelques particularités de la reproduction et du développement. Comportements reproducteurs. - Nutrition et physiologie digestive. - Passage de la vie aquatique à la vie terrestre : implications anatomo-physiologiques au niveau de l'appareil respiratoire et circulatoire - Les différents modes de locomotion : adaptations anatomiques et physiologiques. - Organisation et fonction des téguments. - Notion de rythmes biologiques. Migrations. Vie dans les milieux extrêmes; hibernation.  (50h de cours en tout).

TD - TP : Illustration et compléments pratiques sur le cours, par des observations au niveau morpho-anatomique et histologique (séances de dissections et de démonstrations). Visite interactive du zoo de Vincennes. Visite du Musée de l'air et de l'espace au Bourget (illustration du vol).

Pré-requis conseillé

Connaissances générales en anatomie, histologie et biologie comparée des Vertébrés, acquises en licence de Biologie des Organismes ou autres licences de Biologie des organismes.

DEA ou DESS pour lequel ce module est conseillé
Formations de 3ème cycle (DEA, DESS, grandes écoles) en: - Environnement et écologie; - Comportement animal; - Ecophysiologie; - Biodiversité et évolution ou paléontologie, (pour les meilleurs étudiants); - agronomie, zootechnie.

Documents à fournir pour l'inscription à ce module
Carte d'étudiant (Inscription au module sous réserve de conformité avec les modalités générales d'inscription en Maîtrise)
 
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BIOTECHNOLOGIES VÉGÉTALES
Responsables
D. CHRIQUI, Professeur;  P. LANDRE, Maître de Conférences.

Adresse pédagogique
Laboratoire CEMV, U.P.M.C., Bât. N2 (case courrier 150), 4 pl. Jussieu, 75252 Paris Cedex 05.  Tél. 01 44 27 45 83 et 01 44 27 37 35. Fax: 01 44 27 45 82.

Répartition des enseignements
 - Cours  : 62 heures, - TP-TD : 54 heures (32 h. TP + 22 h. TD)
 - Visite d'entreprises et de laboratoires : 9h. (2 visites)

Objectif
 Former des spécialistes des vitro-méthodes sous leurs aspects fondamentaux et appliqués, les applications couvrant les domaines de la production végétale (horticulture, agriculture, forêts), de l'amélioration des plantes, de la production de molécules, de la protection des cultures, de la conservation des espèces et de l'environnement. L'enseignement comporte une solide formation théorique et pratique complétée par des visites d'entreprises et par des tables rondes avec des professionnels. Ce module s'adresse à des étudiants ayant acquis des bases en biologie et en physiologie végétales ainsi qu'en génétique, en biochimie et en biologie cellulaire et moléculaire.
Remarque : Cet enseignement disposera d'outils pédagogiques entièrement nouveaux et originaux sous forme de vidéocassettes et de polycopiés réalisés par des équipes de spécialistes de chacun des thèmes traités, aussi bien pour les aspects fondamentaux qu'appliqués.

Programme des cours
1. Bases biologiques des cultures in vitro
 - Bases cellulaires et physiologiques de l'organogenèse in vitro   (D. Chriqui)
 - Différenciation et dédifférenciation cellulaires (D. Chriqui,    P.Landré)
 - Aspects moléculaires de la variation somaclonale (A. Rode)
2. Intégration des cultures in vitro  dans les schémas de production des plantes
 - Micropropagation; caulogenèse; rhizogenèse (D. Chiqui)
 - Embryogenèse somatique et semences artificielles (P. Landré)
3. Suspensions cellulaires : conservation des souches et production de métabolites
 - Souches cellulaires: définition et établissement; cryoconservation
 - Stratégies biotechnologiques de production de métabolites secondaires
4. Intégration des cultures in vitro  dans les stratégies d'amélioration des plantes
 - Bases génétiques de l'amélioration des plantes (A. Sarr)
 - L' haplodiploïdisation et son intégration dans les schémas de sélection (P. Landré)
 - L'outil proroplaste et l'hybridation somatique (P. Landré)
 - Notions de base de génie génétique : bases moléculaires de la  relation Agrobacterium -plante et leur exploitation pour la création de plantes transgéniques; construction de vecteurs; transferts directs; secteurs d'application; législation (D. Chriqui).
 
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CONCEPTS ET THEORIES EN SYSTEMATIQUE ET EVOLUTION
 responsable
D. PONS, Maître de Conférences




Renseignements
Laboratoire de Paléobotanique et Paléoécologie - 12 rue Cuvier 75005 Paris
Tél : 01 44 27 65 12  Fax : 01 44 27 65 13 - mail : denise.pons@snv.jussieu.fr

Programme
Ce module traite des bases conceptuelles et méthodologiques permettant de comprendre la mise en place historique de la biodiversité : du génome à l’écosystème.
Seront traités la chimie prébiotique, les archéobactéries, l’origine de la cellule eucaryote et l’organisation des êtres vivants dans un cadre spatio-temporel.
L’évolution du génome et de l’ontogenèse seront ensuite évoqués afin de mieux appréhender la dynamique de la biodiversité.
Principes de la systématique et reconstructions phylogénétiques.

Calendrier des enseignements
Cours : 70h ; TP-TD : 45h
Analyses d’articles et visites de musées.

Pré-requis conseillé
Licence

DEA ou DESS pour lequel ce module est conseillé
D.E.A. :  Systématique Animale et Végétale (MNHN)
Ecologie (ORSAY - PARIS VI)
Biodiversité : Génétique Histoire et Mécanismes de l’Evolution (PARIS VI)
Ecologie Evolutive (Montpellier)

Documents à fournir pour l’inscription à ce module
Curriculum vitae, uniquement pour les étudiants désirant s'inscrire en module isolé
 
 
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ENDOCRINOLOGIE CELLULAIRE ET MOLECULAIRE
Responsables :
Jean-Michel GAREL, Professeur ; Jöelle COHEN-TANNOUDJI, Maître de Conférences



Renseignements :
Secrétariat : Mme Claudie Boy (Tél. : 01 44 27 47 46)
 

Tronc commun de la filière  (20 heures) :
1: Communications intercellulaires: molécules informatives et diversité de l'intégration des signaux.
2: Reconnaissance et différenciation cellulaire.
3: Biosynthèse et mécanisme d’action des hormones stéroïdes.
Intervenants : M. Gilbert & A. Guiochon-Mantel

Modules thémathiques au choix
Option 1 : Physiopathologie du diabète, de l'obésité et de l'ostéoporose
(responsables : J-M Garel & M. Gilbert)
Option 2 : Physiologie et physiopathologie de la reproduction
(responsables : J. Cohen-Tannoudji & G. Garrel)
 

Option 1 : Physiopathologie du diabète, de l'obésité et de l'ostéoporose
Les grands thèmes du cours (40 heures)
- Anomalies génétiques, métaboliques et hormonales des diabètes et de l'obésité
- Aspects moléculaires de la prolifération cellulaire.
- Physiologie osseuse: différenciation, croissance et pathologies.
(Intervenants: J.M. GAREL; PR P VI; M. GILBERT, MC P VI)
Travaux Dirigés (12 heures)
- Analyses d'articles et de documents
- Conférences d'actualité
Partie Pratique
Stage en laboratoire (2 semaines minimum à plein temps) validé par la rédaction d'un mémoire et d'une soutenance orale

Option 2 : physiologie et physiopathologie de la reproduction
Les grands thèmes du cours (40 heures)
Contrôle de la différenciation sexuelle. Anomalies génétiques et endocrines du développement.
La fonction ovarienne et sa régulation
Préparation des gamètes à la fécondation (méiose, réaction acrosomique). Aspects cellulaires et moléculaires de la fécondation, premiers stades du développement
Endocrinologie et physiologie placentaire
(Intervenants: R. BELLE, Pr P VI; J. COHEN-TANNOUDJI, MC P VI; S. MAGRE, ss DR Collège de France)
Les conférences spécialisées (14 heures)
- Clonage, transgenèse et reproduction (Dr. S. Chastant, ENV, Maisons-Alfort)
- Empreintes génomiques (C. Babinet, Pr Institut Pasteur)
- Stérilités humaines/indications pour la PMA/ aspects bioéthiques des technologies de la reproduction en clinique humaine (Dr. F. Olivennes; Hôpital Béclère)
Maîtrise de la reproduction chez les animaux domestiques (Dr. S. Chastant, ENV, Maisons-Alfort)
- Reproduction et migration chez les poissons (S. Dufour, Museum).
Travaux Dirigés (12 heures)
Analyses de documents et d'articles
Travaux pratiques (8 heures)
Anatomie fonctionnelle des gonades de mammifères. Etude de l’expression des enzymes de la stéroïdogenèse par immunocytochimie.
Stage Pratique :
- Deux semaines à temps plein, organisées dans des laboratoires d'accueil de l'INSERM, du CNRS, de l'INRA, de l'Université. Validation par un mémoire et une soutenance orale.

Objectifs scientifiques :
 La finalité est de former les étudiants (Maîtrises BCP, BPE, Biochimie, Magistères de Biologie, Ecoles Vétérinaires) aux connaissances essentielles dans les secteurs d'intérêt abordés. L'accent est mis sur les aspects d'intégration depuis le niveau moléculaire jusqu'aux grandes fonctions physiologiques étudiées. Cette Unité d'Enseignement ouvre l'accès aux filières suivantes
Module 1.
 Ecoles doctorales: Physiologie et Physiopathologie moléculaires (P VI), Signalisation cellulaire, endocrinologie, reproduction (P XI), Génétique, immunologie, infectiologie et développement (P VII), Signalisation et interactions cellulaires et moléculaires (Université de Tours).
 DEAs: Endocrinologie et interactions cellulaires (P VI), Biologie ostéoarticulaire, biomécanique et matériaux (P VII), Physiopathologie de la nutrition (P VII), Biologie et pathologie des épitheliums (P VII), Génie biologique et médical (Grenoble).
 DESS: Biologie et pharmacologie du vieillissement (P VI), Pharmacie industrielle (Strasbourg), Développement de production, management et stratégies dans les bioindustries (Orléans).
Module 2.
 Ecoles doctorales : Physiologie et Physiopathologie moléculaires (P VI), Logique du Vivant (P VI), Signalisation cellulaire, endocrinologie, reproduction (P XI), Génétique, immunologie, infectiologie et développement (P VII), Signalisation et interactions cellulaires et moléculaires (Université de Tours).
 DEAs : Endocrinologie et interactions cellulaires (P VI), Physiologie de la reproduction (P VI), Endocrinologie moléculaire et cellulaire, option reproduction (ENSA Montpellier), Biologie de la cellule normale et pathologique (P V et P VI).
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GENETIQUE ET GENOMES DES PLANTES :
ADAPTATION AU MILIEU
 responsables :
Mme M. BOCCARA
pour l'année 2002-2003 Michèle Bouvier

Renseignements :
Secrétariat de Biochimie
96 Bd Raspail 75006 Paris
Tél : 01 53 63 40 65

Objectifs
Le module de génétique et génomes des plantes a pour objectifs :
1) Donner aux étudiants des connaissances sur la structure du génome nucléaire des plantes ainsi que sur l'organisation et l'expression des génomes cytoplasmiques
2) Montrer aux étudiants que les plantes représentent une stratégie originale du vivant en étudiant leurs réponses à certaines contraintes du milieu et plus spécifiquement les réponses aux stress biotique et abiotiques.
3) Donner aux étudiants au travers des travaux pratiques une vision actuelle des développements de la génomique des plantes.

Programme
Génomes végétaux : structure et expression (14h)
Ressources génétiques: applications à la recherche de caractères agronomiques(9h)
Génétique et physiologie du stress chez les végétaux :
- Variation somaclonale (4h)
- Résistance des plantes aux microorganismes (9h)
- Adaptation des plantes au stress hydrique (8h)
- Réponse des plantes au stress oxydant (6h)

Calendrier des enseignements (pour 2001/2002)
Cours : le jeudi matin (9h à 12h30) et le lundi (13h45 à 15h45)
TD : le lundi matin (un groupe 9h à 12h30) analyses d'article
TP : regroupés en deux semaines en début Mai. outils de la génomique (cartographie, QTL, analyse génomique)

Pré-requis conseillé
Aucun préalable requis sinon l’obtention de la Licence et la nécessité de fournir une lettre de motivation

DEA ou DESS pour lequel ce module est conseillé
Ce module ouvre vers les formations de troisième cycle dans le domaine du végétal (DEA et DESS), il donne également une solide formation aux étudiants souhaitant intégrer les écoles d’ingénieurs après la maîtrise.

Documents à fournir pour l’inscription à ce module
Résultats de Licence et lettre de motivation
 
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INITIATION À LA RECHERCHE  I
INITIATION À LA RECHERCHE II
Programme  SOCRATES-ERASMUS
responsable :
M. Dominique DUNON

Renseignements:
Secrétariat : Nicole PERRET
Service d’Enseignement de Biologie du Développement
Bât. C –7ème  étage- pièce 702, (accès C30)
9, quai St Bernard 75005 PARIS
Tél. : 01 44 27 34 36

Ces modules  permettent aux étudiants d’obtenir le second semestre de maîtrise de Biologie (Biologie Cellulaire et Physiologie, Biochimie, Biologie des Populations et des Écosystèmes) en réalisant un stage de laboratoire dans une Université de l'Union Européenne agréée par l’Université Pierre et Marie Curie.
Présentation :
Ce stage de laboratoire est d’une durée de 4 mois et se déroule entre Mars et Juin. En fonction du sujet de stage l’étudiant doit acquérir une connaissance large du domaine biologique concerné dans des ouvrages de références déterminés avec le responsable du module avant le départ en stage. La réalisation de ce stage est assortie d’une bourse facilitant la mobilité des étudiants.
Le projet proposé doit être accepté par le responsable de ces modules et par le responsable de la maîtrise. Il est de plus, fortement conseillé de prendre contact avec les responsables des formations envisagées après la maîtrise, par exemple DEA, DESS.
Les modalités d’obtention :
- Fin Juin : faire parvenir un rapport de stage.
- Première semaine de Juillet : présentation orale de votre stage (15-20 mn) .
À la suite de cette présentation suivra une discussion sur vos travaux pendant laquelle vous pourrez être interrogés sur les chapitres dont la lecture vous aura été conseillée.
Notation :
Chaque module est noté sur 100, le rapport écrit est noté sur 40 et la présentation orale sur 60. Les deux modules (I et II) comportent les mêmes notes d’écrit et d’oral.
Jury :
D. Dunon et les responsables de la maîtrise à laquelle vous êtes inscrit ou leurs représentants.
Inscription :
En accord avec les responsables de maîtrise, les étudiants désireux de s’inscrire dans ces modules pourront être inscrits dans
2 modules de second semestre en attendant l’accord définitif avec l’université d’accueil et l’aval du responsable du module.
La liste des universités et les dossiers permettant les échanges d’étudiants sont disponibles au secrétariat du module..

DEA ou DESS pour lequel ce module est conseillé
nombreux DEA et DESS sont favorables à ce stage

Documents à fournir pour l’inscription à  ce module
Photo, Relevé  des notes de DEUG et de Licence, CV, lettre de motivation.
 
 
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INTERACTIONS ENTRE LES VEGETAUX ET LEUR ENVIRONNEMENT
responsables:
F. CORBINEAU, Professeur ; J. LEYMARIE, Maître de Conférences

Renseignements:
Mme J. LEYMARIE : Laboratoire de Physiologie Végétale Appliquée, Campus Jussieu, Tour 53, 1er  étage
Tél. : 01 44 27 59 25 Fax : 01 44 27 59 27   E-mail : leymarie@ccr.jussieu.fr

Objectif :
Montrer quels sont les mécanismes biologiques, physiologiques et biochimiques mis en jeu par les végétaux dans leurs réponses aux facteurs contraignants de leur environnement. Préciser comment les plantes interagissent entre elles et avec leur milieu et comment la connaissance de ces phénomènes conduit à des pratiques culturales particulières.

Programme :
1.  Milieux terrestres
L’atmosphère : bilan carboné (photosynthèse), changements de l’environnement et fonctionnement des plantes
Les transferts de matière et d’énergie entre le sol, les végétaux et l’atmosphère : évapotranspiration, échanges de chaleur, bilans radiatifs, place des végétaux dans les cycles biogéochimiques (carbone et azote)
2.  Milieux aquatiques
Particularités physiques, chimiques et biotiques, effets sur les végétaux, évolution des milieux aquatiques (eutrophisation)
3.  Réponses des végétaux aux contraintes du milieu
Tolérance aux températures basses : gel et résistance au gel, endurcissement au gel, maladies du froid
Tolérance à la dessiccation
Réponses à la privation d’oxygène
Réponses aux conditions thermiques et lumineuses extrêmes
4.  Symbioses végétales
Définition et diversité de la symbiose
Mise en place et persistance des symbioses
Les symbioses végétales dans la biosphère et les activités humaines
5.  Pollutions
Pollutions naturelles
Pollutions liées aux activités humaines
6.  Agrosystèmes et pratiques culturales
Protection des cultures : adventices (herbicides), ravageurs, parasites

Calendrier des enseignements pour 2002/2003
Cours (50h) : le jeudi de 8h45 à 15h
TD, TP (75h) : le vendredi toute la journée
Contrôle des connaissances : 2 épreuves écrites de 1h30 (coef. 2.5), 1 épreuve orale (coef. 1), TP et TD (coef. 1.5).

Pré-requis conseillé
Accessible aux étudiants des maîtrises de Biologie des Populations et des Ecosystèmes, Biochimie, Biologie Cellulaire et Physiologie

DEA ou DESS pour lesquels ce module est conseillé
DESS de Technologies appliquées aux organes végétaux
DESS à orientation agronomique ou agro-alimentaire
Ecoles d’agronomie
DEA et DESS à finalité écologique
 
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INTERACTIONS PLANTES-MICROORGANISMES
Responsables :
C. KUNZ, Maître de Conférence ; M.C SOULIE, Maître de Conférence


Renseignements
Caroline Kunz, Laboratoire de Pathologie Végétale, INA-PG, 16 rue Claude Bernard,75005 Paris ;
Tél. 01 44 08 86 08 - Fax 01 44 08 86 31, e-mail : kunz@ccr.jussieu.fr

Dépôt des fiches d’inscriptions
Service d’enseignement TP Physiologie végétale
Tour 53 rez-de-chaussée
Tél : 01 44 27 59 32

Programme :
Les cours du module traitent d’interactions parasitaires entre plantes et phytopathogènes d’origine fongique, bactérienne, virale ainsi que de nématodes. Les interactions symbiotiques seront abordées avec les mycorhizes et les légumineuses / rhizobium. Les notions générales de physiopathologie végétale (symptômes, protection des cultures, moyens de lutte) seront développées dans un premier temps, les médiateurs du pouvoir pathogène et la résistance des plantes aux maladies seront étudiés plus en détail.
Les TD illustrent le cours avec des exemples concrets de phytopathogène les plus importants économiquement parlant. Lors des TD, les étudiants seront initiés aux approches expérimentales les plus récentes en analysant une interaction modèle de type plante/champignon.
Les TP permettent aux étudiants d’observer une variété de symptômes provoqués sur la plante puis d’identifier certains pathogènes (champignons, bactéries, virus). Quelques composantes biochimiques de la relation parasitaire seront étudiées (enzymes pectinolytiques, phytoalexines, phytotoxines). Le dosage biologique du virus de la mosaïque du tabac sera pratiqué.

Calendrier des enseignements pour 2002/2003
Cours, TD : mercredi 9h-12h30, jeudi 16h45-18h15, vendredi 16h15-17h45
TP : 1 semaine en continu en mai

Pré-requis conseillé
Accessible aux étudiants des maîtrises :
Biologie des Populations et des Ecosystèmes
Biochimie
Biologie Cellulaire et Physiologie

DEA ou DESS pour lequel ce module est conseillé
Aux 3ème cycle de Paris 6
DEA Interactions Plantes – Micro-organismes
DEA Physiologie Cellulaire et Moléculaire des Plantes
DESS Technologies appliquées aux organes végétaux
Au niveau national
Les DEA de Biologie Végétale (Physiologique et moléculaire)
Admission dans les grandes écoles agronomiques
Documents à fournir pour l’inscription à ce module
Relevé de notes de l’année de la Licence
 
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L'HOMME ET LA BIOSPHERE
Responsable
P. LAVELLE, Professeur


Renseignements
Coordonnateur
J.P ROSSI, Maître de Conférences

IRD - Centre de Bondy
32 rue Henri Varagnat
93143 BONDY CEDEX
Tél : 01 48 02 56 68 - Fax : 01 48 47 30 88 - E.mail : Rossijp @bondy.ird.fr

Ce module rattaché principalement à la Maîtrise BPE peut être suivi par tous les biologistes et les biochimistes intéressés aux problèmes et aux métiers de l’Environnement.

Ce module traite des problèmes de l’Environnement, aux échelles locales, régionales et globales. Il fait le lien entre les enseignements d’Ecologie Générale de maîtrise et les DEA, DESS et Ecoles d’Ingénieurs qui traitent d’environnement. Il permet aussi aux étudiants ayant reçu des formations en Biologie plus spécifiques de replacer leurs connaissances dans un contexte beaucoup plus global et opérationnel.
Un stage sur le terrain et diverses activités pratiques permettent aux étudiants d’identifier le rôle qu’ils pourraient jouer dans la gestion et la résolution de ces problèmes.

Programme
Problèmes globaux d’environnement : ozone, changements climatiques, gestion durable des agrosystèmes, biodiversité
(P. Lavelle)
Ecotoxicologie ( P Lavelle et JP Rossi)
Gestion des milieux aquatiques (G Billen)
Modifications climatiques et diffusion des endémies (J Koella)
Lutte contre les parasites des cultures : le problème des pesticides (G Reversat)
Politiques agricoles et environnement (S. Martin)
Géopolitique et environnement (R Schaefer)
Politiques de gestion et qualité de l’environnement (P Lavelle et JP Rossi, stage de 4 jours en mai dans le parc Régional du Morvan)

Calendrier des enseignements pour 2002/2003
Début des enseignements le 3/02 ; fin vers la mi-mai
Horaires : le lundi et vendredi 9h à12h / 14h à 17h
Stage de terrain obligatoire de 4j dans le Morvan en mai (date à déterminer)

Pré-requis conseillé
Formation minimale en Ecologie utile

DEA ou DESS pour lequels ce module est conseillé
DEA d’Ecologie Générale (Paris VI)
DEA de Sciences et Techniques de l’Environnement (Paris XII)
DEA national de Sciences du Sol
DESS d’environnement

Documents à fournir pour l’inscription à ce module
CV, photo, lettre de motivation, relevé de notes de l’année précédente.
 
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METHODES INFORMATIQUES EN BIOLOGIE

Responsables
Robert BELLE, Professeur ; Bernard BILLOUD, Maître de conférences.


Renseignements
Bernard BILLOUD
12 rue Cuvier
75005 PARIS.
Tél : 01 44 27 65 82 - e-mail : Bernard.Billoud@snv.jussieu.fr
Affichages : hall d'entrée du 12, rue Cuvier.

Objectif
L'objectif est de former les étudiants des seconds cycles de biologie aux concepts et à l'utilisation de l'informatique. La formation prépare les étudiants aux troisièmes cycles de biologie, aux troisièmes cycles spécialisés en "bio-informatique", à une ré- orientation éventuelle, à leur insertion professionnelle.

Programme
Module  de 125h composé de deux unités : une unité obligatoire (tronc commun), et une unité au choix (option).
1. Tronc commun : Mise en oeuvre de l'informatique
L'algorithmique et la programmation (en Java) sont pratiqués dans le but de comprendre ce qu'est un logiciel et quelles sont ses limites. A cette fin des projets sont réalisés par les étudiants. Une pratique de la communication et des réseaux complète la formation. L'enseignement décrit l'architecture d'un ordinateur, les systèmes d'exploitation, l'analyse structurée, les méthodes de programmation, les bases de données, les notions de communication, réseaux et protocoles : telnet, ftp, web
2. Unité au choix parmi :
- Acquisition et traitement de signaux et de données
- Traitement et analyse d'image
- Intelligence artificielle
- Biologie, Informatique (et Génome): Modèles, Analyse, Méthodes et Algorithmes
- Systèmes intégrés en Biologie

Calendrier des enseignements
Planning (sous réserves) :
Cours : lundi après-midi et jeudi matin
TD/TP : chaque semaine :
 - 1 séance de TD/TP (4h) de mise en oeuvre de l'informatique
 - 1 séance de TD/TP (4h) dans l'option choisie
Communication et réseaux : 2 séances de TD/TP, soit 2 x 4h pour l'ensemble du semestre.

Contrôle des connaissances :
Chaque unité (tronc commun et option) donne une note sur 50 points. Dans chaque unité, la moitié de la note (25 points) est constituée par l'examen écrit ; l'autre moitié de la note prend en compte le contrôle continu, et la réalisation d'un projet (rapport en binôme et soutenance orale individuelle).

Pré-requis
Aucun en Informatique.

DEA ou DESS pour lequel ce module est conseillé
Préparation aux 3ème cycles spécialisés et préparation à une insertion professionnelle
Le module est conseillé à tout futur utilisateur de moyens informatiques.
 
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METHODOLOGIE INSTRUMENTALE EN OCEANOGRAPHIE
Professeurs
Paul NIVAL, professeur & Frédéric IBANEZ, Docteur

Renseignements :
Service d’Océanologie Biologique
Bât. A, 4ème étage, porte 425
Tél : 01 44 27 31 48 FAX : 01 44 27 52 50
E-mail : oceanobio@snv.jussieu.fr

Programme
Le module a pour objectif majeur d’apprendre aux étudiants à maîtriser et mettre en œuvre les méthodes, instruments et techniques employés en océanographie dans un contexte pluridisciplinaire (i.e. biologie, physique, chimie, géologie) conforme au développement récent de la recherche dans ce domaine.
Les principaux cours portent sur :
l’élaboration de stratégies d’échantillonnage
les techniques d’acquisition de données (e.g. détection acoustique, mesures hydrologiques, télédetection, sondage sismique, prélèvements zooplanctoniques)
les techniques de traitement de données spatiales et temporelles
la cartographie
Les cours sont illustrés en TD par l’utilisation de logiciels et l’exploitation de données acquises en mer. Pour chaque étudiant, un programme de travaux pratiques sur un navire océanographique d’environ 24 heures est prévue.

Calendrier des enseignements pour 2002/2003
Cours : 40h TD : 84h Autres : 24h de sortie en mer
L’ensemble des enseignements est dispensé sur 4 semaines en avril à la Station Zoologique de Villefranche/mer.

Pré-requis conseillé
Connaissances générales en océanographie
Connaissances élémentaires en statistiques et analyse de données

DEA ou DESS pour lequels ce module est conseillé
Ce module ouvre aux différents DEA traitant d’océanographie et de sciences de l’environnement marin :
DEA  Océanographie Biologique et Environnement marin (UPMC, UBO, EPHE)
DEA Sciences de l’Environnement marin (Aix-Marseille II)
DEA Environnements et Paléoenvironnements océaniques (Bordeaux I)
DEA Interfaces et dynamique en environnement (Univ. Littoral Côte d’Opale)
DEA Biodiversité et écosystèmes fossiles et actuels (Lille I)
En plus des DEA, il peut ouvrir à différents DESS axés sur la gestion de l’environnement littoral.
Fortement conseillé pour le DEA d’Océanographie Biologique et Environnement Marin, option Paramétrisation et Modélisation

Documents à fournir pour l’inscription à ce module
- une enveloppe à votre nom et adresse en janvier - février 2003.
- un timbre-poste à 0,69 Euro ou une valeur égale en Euros.
- une photo d’identité avec votre nom au dos.
- un relevé d’identité bancaire ou postal avec votre adresse.
- une attestation d’assurance de responsabilité civile à votre nom.
- la fiche d’inscription aux modules optionnels.
- la fiche d’inscription spécifique au module.
 
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MICROBIOLOGIE GENERALE
Responsables
M. CLAISSE, Professeur; M.C. SOULIE, Maître de Conférences.

Adresse pédagogique
Travaux Pratiques de Physiologie Végétale, Tour 53, Rez-de-Chaussée.

Répartition des enseignements
Cours: 52 h; TP: 40 h; TD: 33 h.

Objectif
Apporter les connaissances fondamentales concernant les principaux types de micro-organismes, leur mécanismes de synthèses et les régulations associées. Montrer l'aspect pathogène ou nuisible de certains micro-organismes et les moyens de lutter contre eux. Décrire le rôle indispensable des microbes dans le cycle de la matière et leurs utilisations classiques ou récentes en biotechnologie.

Programme
Introduction à l'étude des micro-organismes : Définitions. Position des microbes dans la classification biologique. Généralités sur les principaux types.
 Techniques microbiologiques. Lutte contre les micro-organismes:  Milieux de culture. Croissance des micro-organismes: isolement, culture, conservation des souches; facteurs physiques agissant sur la croissance. Technique de la lutte antimicrobienne: Antisepsie. Asepsie. Traitement thermiques. Elimination mécanique. Utilisation des radiations. Lutte chimique non sélective, antiseptiques. Lutte chimique sélective, antibiotiques.
Classification des micro-organismes, nutrition et types trophiques, cycle de la matière, microbiologie de milieux naturels, étude de types de micro-organismes, de leur organisation et de leurs mécanismes de synthèses: Protozoaires. Algues microscopiques. Champignons microscopiques. Bactéries. Virus.
        Utilisation des micro-organismes par l'homme :Production d'antibiotiques. Fermentations. Production de biomase. Recombinaisons génétiques in vivo et clonages de gènes: ingénierie génétique.
Micro-organismes et maladies : Relations entre les micro-organismes et l'hôte. Pouvoir pathogène. Infections parasitaires. Infections bactériennes. Infections virales.
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MICROBIOLOGIE MARINE ET MOLÉCULAIRE
Responsables : M. CLAISSE, Professeur ; M. LEBARON, Maître de Conférences

Adresse pédagogique
Observatoire océanologique de Banyuls-sur-Mer et Campus de Paris-Jussieu, Tour 53, rez-de-chaussée.

Répartition des enseignements
Cours : 43 heures; TD/TP : 82 heures ; 1 à 2 groupes prévus

Objectif
former les étudiants de Maîtrise aux concepts et aux techniques microbiologiques spécifiques à l'environnement marin, en intégrant les aspects les plus récents de la Biologie Cellulaire et Moléculaire. L'importance donnée aux TD/TP organisés sous forme de stage autour de thèmes précis, allant de la microbiologie sanitaire à l'étude des flux de matière en milieu océanique, permet de sensibiliser les étudiants à la conception et à la conduite d'une recherche.

Programme
I. Diversité des micro-organismes dans les milieux marins
 Les méthodes d'analyse de la biodiversité. Organismes phytoplanctoniques. Champignons filamenteux et levures. Bactéries et cyanobactéries. Virus.
II. Les principaux biotopes dans les Ecosystèmes océaniques.
 Milieux pélagiques et techniques d'échantillonnage. Milieux benthiques et techniques d'échantillonnage.
III. L'influence des facteurs environnementaux sur le développement et la physiologie des micro-organismes.
 Lumière, température, pression, turbidité,potentiel redox, salinité.
 Matière organique et matière minérale.
 Les techniques d'analyse par cytométrie de flux
IV. Stratégies d'échantillonnage adaptées à l'étude des micro-organismes en mer.
V. Les interactions entre micro-organismes ou avec d'autres organismes.
 Relations bénéfiques, nuisibles, neutres.
VI. La production de matière organique.
 La production primaire par les organismes autotrophes. La production secondaire par les organismes hétérotrophes. La boucle microbienne.
VII. Les micro-organismes dans les cycles des éléments. Aspects concernant les micro-organismes marins.
 Principaux cycles: carbones, azote, soufre, phosphore.
 Les interactions entre cycles.
 Les processus géomicrobiologiques: formation et modification des sédiments; rôle des micro-organismes dans les dépôts minéraux.
VIII. Les modifications de populations microbiennes dans la pollution des eaux côtières et des estuaires.
 Le rejet des eaux usées: incidence et règlementation. Consommation d'oxygène. Production d'H2S. Les substances toxiques. Le contrôle sanitaire.
 Eutrophisation.
IX. Mécanismes d'adaptation des bactéries à l'environnement.`
 Plasmides et transposons; mécanismes de transfert. Résistance aux agents antimicrobiens. Résistances multiples.
 
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OCEANOGRAPHIE BIOLOGIQUE
responsable
Dr Eric THIEBAUT, Maître de Conférences

Renseignements
Service d’Océanologie Biologique, Bât. A, 4ème étage, porte 425
Tél : 01 44 27 31 48 FAX : 01 44 27 52 50
E-mail : oceanobio@snv.jussieu.fr

Programme
Faisant suite au module d’océanographie générale dispensé au premier semestre, les objectifs du module d’océanographie  biologique sont de fournir les connaissances fondamentales sur la structure et le fonctionnement des populations et des écosystèmes marins (e.g. réseau trophique, variabilité spatiale et temporelle).
Les principaux thèmes abordés au cours de ce module sont :
l’adaptation des organismes marins à leur environnement
la structure et la dynamique des écosystèmes marins benthiques
les échanges pélago/benthos
la dynamique des populations marines et l’exploitation des ressources
 les grands compartiments de la matière organique dans l'océan mondial et les cycles de la matière

Calendrier des enseignements pour 2002/2003
Cours : 50h - TD/TP : 75h
Les cours ont lieu lors des 6 premières semaines du second semestre. Les TD/TP sont dispensés, au choix, dans l’une des trois stations marines de l’université : Station Zoologique de Villefranche/mer, Station Biologique de Roscoff et Laboratoire Arago de Banyuls/mer. D’une durée de 2 semaines, ils se dérouleront lors de la deuxième quinzaine de mars 2002 ( les dates seront précisées ultérieurement)

Pré-requis conseillé
Il est vivement conseillé d’avoir suivi le module d’océanographie générale dispensé au premier semestre.

DEA ou DESS pour lequels ce module est conseillé
Ce module ouvre aux différents DEA et DESS traitant d’océanographie et de sciences de l’environnement marin :
DEA  Océanographie Biologique et Environnement marin (UPMC, UBO, EPHE)
DEA Sciences de l’Environnement marin (Aix-Marseille II)
DEA Environnements et Paléoenvironnements océaniques (Bordeaux I)
DEA Interfaces et dynamique en environnement (Univ. Littoral Côte d’Opale)
DEA Biodiversité et écosystèmes fossiles et actuels (Lille I)
DESS Exploitations des ressources vivantes côtières (Caen)

Documents à fournir pour l’inscription à ce module
une enveloppe timbrée à votre nom et adresse en janvier - février 2003
L'équivalent d'un timbre-poste à 0,68 Euro
une photo d’identité avec votre nom au dos
un relevé d’identité bancaire ou postal avec votre adresse
une attestation d’assurance de responsabilité civile
la fiche d’inscription aux modules
la fiche d’inscription spécifique au module
 
 
 SOMMAIRE
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ORIGINES DU VIVANT -
ASPECTS BIOLOGIQUES, ASPECTS GEOLOGIQUES
(Module pluridisciplinaire Biologie-Géologie)
Responsables :
M.-C. MAUREL, professeure; M. RENARD

Renseignements, lieu d'inscription :
Mme C. Odin. Secrétariat pédagogique, 2d cycle, Tour 25, 1er étage, rotonde, tous les jours sauf le samedi.
Tel : 01 44 27 46 98.
Et M-C Maurel 01 44 27 40 21 ; ; maurel@ijm.jussieu.fr.

L'originalité de la formation dispensée repose sur le thème traité et sur la pluridisciplinarité. Le module vise à présenter différents domaines de recherches (une douzaine) dans lesquels sont utilisés les concepts et les techniques biologiques et géologiques les plus avancés.
Un soin particulier sera apporté à l'homogénéisation du groupe d'étudiants compte tenu des cursus originels différents. Cependant les "bons souvenirs du premier cycle" sont indispensables autant que la motivation pour le thème abordé.

Programme
Biologie Géologie
- Le contexte des origines. Condition prébiotique. Définition. Examen des différentes possibilités.- L'invention du métabolisme. Autotrophie ou hétérotrophie ? Océan prébiotique et/ou surfaces minérales.- Les premiers systèmes capables de transmettre une information génétique. Les virus sont-ils des organismes vivants ?- L'évolution darwinienne s'applique-t-elle aux premières étapes de la vie ?- Différentes formes de vie. Vie dans des conditions extrêmes.- Evolution des génomes et biodiversité- Exobiologie - La formation du système solaire- Les traceurs géochimiques de l'activité biologique- Les méthodes de datations et l'échelle des temps géologiques.- Les formations sédimentaires du précambrien et les traces d'activités biologiques associées.- Hydrothermalisme sous-marins (sources chaudes et coquiles)- Les crises biologiques majeures

Le module comprend 80h de cours, conférences, travaux dirigés, TP-TD.Un stage en laboratoire (le laboratoire de stage peut être proposé par les étudiants). Des TP classiques et des stages-visites sur le terrain seront organisés en Géologie.
Les Cours, TD et conférences seront assurés par (liste provisoire) :
Biologie : M.-C. Maurel, Bernard Billoud, Dominique Higuet, Jean Broutin, (Paris VI), Pierre Sonigo (INSERM), Françoise Gaill (CNRS), un responsable du programme exobiologie du CNES fera une conférence suivie d'une table ronde sur les programmes spatiaux existants, deux à trois conférences sur des sujets d’actualité sont également au programme (horaires communiqués en début de semestre).
Géologie : F. Lethiers (PR) et D. Pons (MC paléobotanique) traiteront des crises (primaire) et du Précambrien. B. Villemant (Pr) traitera de la formation du système solaire et des datations. M. Renard (Pr), V. Daux (MC), F. Baudin (CNRS) et L. Lecallonnec (MC) traiteront des crises (secondaires et tertiaires), des traceurs géochimiques de l'activité biologique et de l'hydrothermalisme. Un astrophysicien fera également une conférence (thèmes possibles : Europa, Io ou bien les planètes extra-solaires). D'autres intervenants sont à confirmer sur la connaissance de la planète Mars et la récolte d'échantillons martiens prévues pour 2003 et 2005.

Pré-requis conseillé
Ouvert aux Maîtrises de Biologie des Populations et des Ecosystèmes, de Biochimie (après entretien de motivation avec le responsable de la Maîtrise de Biochimie), de la mention Génétique de la Maîtrise de Biologie Cellulaire et Physiologie, et au deux filières de la Maîtrise de Géologie Fondamentale et Appliquée.

DEA ou DESS pour lesquels ce module est conseillé
Ce module est une introduction à plusieurs formations de 3ème cycle :
Océanologie, Météorologie et Environnement (P-et-M-Curie), Océanographie Biologique et Environnement Marin (P-et-M-Curie), Fonctionnement Physique, Chimique et Biologique de la Biosphère Continentale (P-et-M-Curie), Hydrogéologie, Méthodes Physiques en télédétection (Paris 7), Chimie de la pollution atmosphérique et physique de l’environnement (Paris 7), Paléontologie (P-et-M-Curie) et autres formations concernées par les problèmes d écologie et d’environnement, ainsi que de nombreux DESS (Gestion de la Biodiversité, etc…) et preparations à l’agrégation.

Documents à fournir pour l’inscription à ce module
La sélection pour ce module a effectif limité (12-18 étudiants) se fera sur dossier et sur lettre et entretien de motivation
 
 
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Tronc Commun Biologie Animale Biologie Végétale Ecologie Générale Ecologie Marine Systématique, Biodiversité et Evolution Informations Générales Modules optionnels Le programme de chaque module

PARASITISME ET INTERACTIONS DURABLES
ENTRE ESPECES ANIMALES
Responsables
C. GABRION Professeur ; G. PETIT


 



Renseignements
Secrétariat de Biologie, Bat A, 1ère étage
Tél : 01 44 27 31 19

Programme
Le terme d'interactions durables recouvre les relations hétérospécifiques entre organismes animaux, à l'exception des relations proies-prédateurs, parmi lesquelles le parasitisme tient une place prépondérante compte tenu de la complexité des mécanismes qui régissent ce type de relation. S'intéresser au parasitisme, c'est tenter d'appréhender les mécanismes qui génèrent les interactions hôtes-parasites ainsi que ceux qui permettent son maintien et son évolution. Après un rappel des différentes interactions durables, le parasitisme sera abordé au niveau des organismes à partir de différentes approches: systématique, génétique et moléculaire, écologique et épidémiologique. Enfin l'évolution des interactions durables ainsi que le parasitisme végétal seront abordés.

Cours : 36 h - TD : 22 h - TP : 44 h - Analyses bibliographiques : 6 h - Conférences : 12 h
Les enseignements sont regroupés sur 3 journées par semaine.

Pré-requis conseillé
Licence de Biologie Cellulaire et Physiologie, Licence de Biologie des Organismes

DEA ou DESS pour lesquels ce module est conseillé
DEA : Ecologie, Biologie intégrée des invertébrés et Biodiversité

Documents à fournir pour l’inscription à ce module
CV, Relevés de notes du DEUG et de la licence, Lettre de motivation
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PHYSICO-CHIMIE DE L'OCEAN ET DE L'ATMOSPHERE ET CYCLES GEOCHIMIQUES
Responsables
A. SALIOT, Professeur


Renseignements :
Y. BOURAHLA, Secrétaire
Laboratoire de Biogéochimie et Chimie Marine
Tour 24, 5ème étage, case 134
Université Pierre et Marie Curie
4, place Jussieu, 75252 Paris Cedex 05

Affichage des informations : tour 24, 5ème étage, sur la rotonde
FAX : 01 44 27 48 15
 

Objectifs
Créé en 1987, ce module s’adresse aux physiciens, chimistes, biologistes, géochimistes et géologues de la surface voulant acquérir des connaissances de base sur la chimie de l’océan et de l’atmosphère et sur les processus et cycles biogéochimiques s’y déroulant, y compris aux interfaces de l’océan avec l’atmosphère et  avec le continent par les fleuves.

Programme
Les enseignements portent sur des disciplines en pleine expansion : la chimie et la géochimie de l’océan et de l’atmosphère. L’importance des problèmes fondamentaux et appliqués qui s’y attachent ne cesse de croître : perturbations des cycles bio- et géo-chimiques par l’activité humaine, conséquences écologiques sur la qualité des eaux, changements climatiques. Des bases solides sont nécessaires pour acquérir une formation générale multidisciplinaire (physique, chimie, biologie, géologie) permettant la compréhension et l’étude des cycles géochimiques.

Les cours communs traitent des interactions entre l’océan et l’atmosphère et les cycles biogéochimiques. Dans les cours optionnels, les connaissances fondamentales sont approfondies en physique, chimie et biologie, permettant de découvrir la pluridisciplinarité en sciences de l’Environnement.

Le module complète les maîtrises de physique et applications, chimie, chimie physique, biologie des populations et écosystèmes, sciences de la terre et fait suite au module de premier semestre d’océanographie générale.

I.  Cours communs (50h obligatoires)
1 - Cycles biogéochimiques et leurs perturbations par l’activité humaine, 25h
le cycle de l’eau
Le cycle du carbone et ses perturbations dues aux pressions anthropiques

2 - Physico-chimie de l’eau de mer, 10h
L’eau de mer, solution ionique complexe. Equilibres, associations ioniques
Acides faibles dans l’eau de mer. Le système des carbonates

3 - Composantes atmosphériques des cycles biogéochimiques, 15h.
Structure verticale et composition chimique de l’atmosphère
Cycles atmosphériques des principaux constituants
L’ozone et les équilibres physico-chimiques dans l’atmosphère
 
II.  Cours optionnels (45h à choisir)
4.- Chimie analytique organique, 30h
Chromatographie en phase gazeuse (8h)
Spectrométrie de masse (20h)
Applications de la technique CG/SM sur des extraits organiques d’origine naturelle

5.- Géochimie isotopique et milieu océanique, 15h
Traceurs isotopiques naturels et paléo-océanographie
Préservation du signal isotopique, processus diagénétiques
Isotopes stables de l’oxygène et du carbone et cycles climatiques

6.- Ecosystèmes marins ; Interactions biosphère/géosphère,  15h
Ecosystèmes à base chimiosynthétique : modèles d’interface biologie-géochimie
Intéractions biosphère/géosphère : origine de la vie
 
7.- Dynamique des particules marines, 15h
Particules et cycles géochimiques. Spectres de tailles des particules
Sédimentation et dissolution. Transport advectif et turbulent

8.- Climatologie
Paramétrisation du climat ; les changements actuels, El Nino

III.  Travaux dirigés (20H)
Calendrier prévisionnel des enseignements pour 2002/2003 : deuxième semestre, 8 semaines de février à mars. Les cours sont programmés les lundi et mercredi

DEA ou DESS pour lesquels ce module est conseillé
Il est une introduction à plusieurs formations de 3ème cycle :
1 : DEA : Océanologie, Météorologie et Environnement (P. et M. Curie) ; Océanographie Biologique et Environnement Marin (P. et M. Curie) ; Fonctionnement Physique, Chimique et Biologique de la Biosphère Continentale (P. et M. Curie) ; Hydrogéologie Méthodes Physiques en télédétection (Paris 7) ; Chimie de la pollution atmosphérique et Physique de l’environnement (Paris 7)
2 : DESS : Pollutions chimiques et Environnement (Paris Sud XI) ;  Environnement : Sols, Eaux continentales et Marines (Caen et Rouen) ; Ressources Naturelles et Environnement (Nancy I et Metz) et autres formations concernées par les problèmes d’environnement.
 
 
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SCIENCES FORESTIERES
Responsable
Monique DUPERON, Maître de Conférences.


Renseignements
Laboratoire de Paléobotanique et Paléoécologie
12 rue Cuvier 75005 Paris
Tél : 01 44 27 41 34 Fax :  01 44 27 65 13

Objectifs
Fournir des bases indispensables à la compréhension du fonctionnement, de la biologie, de la structure et de la production des écosystèmes forestiers tempérés et tropicaux.

Programme
Aspects phytogéographiques, sociaux et économiques des forêts dans le monde.
Les grands types de forêts et leur écologie. Télédétection. Protection contre les feux de forêt.
Biologie des principales essences de résineux et de feuillus.
Micropropagations, clonage, régénération, OGM.
Mycorhizes.
Le matériau bois.
Gestion, utilisation et conservation des ressources forestières. Sylviculture.

Nombre d'inscriptions limité à 25

Calendrier des enseignements pour 2002/2003
Cours : mardi matin (et parfois lundi matin), 9h-12h à compter de février 2003
TD/TP : mardi après- midi, 13h30-17h30
Excursions : 2 en Avril-Mai (INRA d'Orléans, arboretum et forêt de Verrières), dates précisées ultérieurement

Pré-requis
Biologie végétale - Notions de Botanique.

DEA ou DESS pour lesquels ce module est conseillé
DEA : Biologie Forestière (Nancy), Sciences du Bois (Nancy)
DESS : Gestions des Systèmes Agro-Sylvo-Pastoraux en zones tropicales (Créteil), Espaces et Environnement (Paris VII) , Espace rural et Environnement (Dijon), Gestion de la Forêt cultivée (Bordeaux)..
Ecoles : FIF-ENGREF Nancy (techniciens et ingénieurs forestiers), INA-PG, ENSA (Rennes, Montpellier…), Gembloux (Belgique).

Documents à fournir pour l'inscription à ce module
Carte d'étudiant, une photo d'identité, CV , relevé de notes et lettre de motivation.
 
 
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UTILISATIONS INDUSTRIELLES DES PRODUCTIONS VEGETALES
Responsables :
F. CORBINEAU, Professeur ; C. BAILLY, Maître de Conférences


 


Renseignements:
C. BAILLY : Laboratoire de Physiologie Végétale Appliquée, Campus Jussieu,
Tour 53 -  1er étage - Tél : 01 44 27 59 29   Fax : 01 44 27 59 27  E-mail : bailly@ccr.jussieu.fr

Objectifs
Montrer comment une bonne connaissance de la biologie, de la physiologie et de la biochimie des plantes peut conduire à des applications pratiques dans les industries agricoles et alimentaires.

Programme
Cours :
Elaboration des constituants, des structures et des organes d'intérêt économique (organes de réserve, fibres alimentaires et agents de texture d’origine pariétale, bois et fibres papetières ou textiles, produits du métabolisme secondaire)
Grands types d'utilisation industrielle des végétaux - Bases biologiques de la conservation des produits végétaux (réfrigération simple et atmosphère contrôlée, congélation, survie des fleurs coupées) - Forçage des organes (endive).
Extraction et isolement de constituants ( fibres textiles, sucre de betterave et de canne, caoutchouc, protéines, lipides, amidon) - Quelques produits élaborés (farine et pain, malt et bière, raisin et vin) - Phytopathologie des produits frais.
TP et TD : Démonstrations et analyses de documents - Visites d’entreprises - Rédaction et présentation orale, par groupes de 3 ou 4, d’un dossier scientifique et technique sur une plante ou un groupe de plantes d’intérêt  économique ou sur un thème se rapportant au programme du module.

Calendrier des enseignements pour 2002/2003 :
Cours (45h) : le mardi de 15h à 20h
TP, TD et visites d’entreprises (80h) : le lundi toute la journée.
Contrôle des connaissances : 2 épreuves écrites de 1h30 (coef. 2.5), 1 épreuve orale (coef. 1), TP, TD et CC (coef. 1.5).

Pré-conseillé
Module destiné aux étudiants des maîtrises de Biologie des Populations et des Ecosystèmes, de Biochimie et de Biologie Cellulaire et Physiologie.

DEA ou DESS pour lesquels ce module est conseillé
DESS de Technologies appliquées  aux organes végétaux
DESS  à orientation agronomique ou agro-alimentaire
Ecoles d’agronomie
 
 
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