L'endoderme, assise cellulaire la plus profonde de l'écorce de la racine, sépare physiquement l'écorce et le cylindre central. Par sa position et ses caractères cellulaires, il joue un rôle fondamental dans le transit de l'eau et des sels minéraux au niveau de la zone d'absorption des racines jeunes.

Coupe transversale d'une racine de ficaire (Renonculacées, Dicotylédones).	Coupe transversale d'une racine d'iris (Monocotylédones).

Les caractères cellulaires de l'endoderme chez les dicotylédones et les monocotylédones.

Endoderme dans une racine de pois (Dicotylédones). Dans ces cellules à paroi cellulosique, une tache bleu-vert indique la présence de lignine au niveau des parois radiales. Cette différenciation pariétale (anneaux de Caspary) est souvent de petite taille et difficile à observer. Cependant, comme la lignine est imperméable, elle oblige l'eau et les solutés à traverser les cellules par le protoplasme et non par simple difusion au travers de la paroi. Remarquons, sous l'endoderme, le péricycle en division dans cette racine qui différencie son cambium.

Endoderme dans une racine d'héllébore (Dicotylédones). La couleur de la lignine colorée par le vert d'iode a été forcée graphiquement. Cela permet de mettre mieux en évidence les anneaux de Caspary.

Endoderme dans une racine d'iris (Monocotylédones). Les "anneaux" de Caspary lignifiés forment cette fois une cupule (fer à cheval) qui s'oppose à tout transit. Celui-ci ne peut se réaliser qu'au niveau de certaines cellules dépourvues d'épaississement lignifié.

Endoderme de Dicotylédones vu en coupe transversale et de face. Le transit de l'eau et des substances dissoutes ne peut se réaliser qu'à travers les cellules.	Endoderme de Monocotylédones vu en coupe transversale et de face. Le transit de l'eau et des substances dissoutes ne peut se réaliser qu'à travers certaines cellules dépourvues d'épaississement lignifié.