Les étapes concernées sont les réactions 2 et 7, catalysées respectivement par l'aconitase et la fumarase. Sur les carbones provenant de l'oxaloacétate, l'aconitase permet, de façon réversible, l'élimination puis l'addition d'une molécule d'eau. La fumarase, enzyme stéréospécifique, catalyse l'hydratation de la double liaison en trans du fumarate produisant ainsi du L-malate.