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Comparaison du profil électrophorétique 
du sérum de différents animaux



 
  • Principes et protocole
Le sérum correspond au plasma sanguin dépourvu de son fibrinogène. L'électrophorèse du sérum peut être utilisée à la fois pour la prise en main de la technique et pour montrer l'intérêt d'identifier les protéines d'un mélange et de mener leur analyse densitométrique. En outre, la comparaison des profils électrophorétiques de liquides biologiques ou d'extraits tissulaires appartenant à différents animaux permet aussi d'apprécier leur parenté évolutive, les animaux les plus proches sur le plan évolutif présentant des profils qui se ressemblent davantage que les animaux dont le degré de parenté est plus lointain. 
Il est possible de se procurer dans le commerce du sérum provenant de différentes espèces d'oiseaux et de mammifères (voir "approvisionnement"). Ce type de liquide biologique présente l'avantage de pouvoir être utilisé directement sans préparation particulière. Après identification des protéines du sérum humain, on peut chercher à identifier les protéines homologues dans les différents sérums testés.
Bien que les résultats présentés ci-dessous aient été obtenus avec des gels d'agarose prêts à l'emploi comme indiqué à la page du protocole général, des résultats similaires peuvent être obtenus avec un gel d'agarose coulé par l'utilisateur ou avec un support différent comme une bande d'acétate de cellulose. Il faut cependant noter que la résolution des protéines est meilleure avec un gel d'agarose.
Dans l'exemple ci-dessous, les dix pistes d'un gel d'agarose supporté (Midigel Protéines, BIOMIDI) ont été chargées avec 5 µL de sérum du commerce provenant de trois oiseaux et de sept mammifères et l'électrophorèse a été menée à 140 V pendant 60 minutes.
  • Résultats et exploitation
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Séparation électrophorétique des protéines de sérums différents
(1 : canard ; 2 : chèvre ; 3 : poule ; 4 : cobaye ; 5 : lapin ; 6 : singe ; 7 : chien ; 8 : cheval ; 9 : pigeon ; 10 : homme)
Les protéines sériques sont identifiées chez l'homme pour servir de référence et le profil densitométrique est établi. Deux outils logiciels gratuits,  Digispec (F. Borie) et Mesurim (J.F. Madre) peuvent être utilisés pour cela. Le premier permet d'effectuer l'analyse densitométrique à partir d'une image au format .bmp obtenue avec un appareil photo numérique ou un scanner. Le second permet également d'effectuer l'analyse densitométrique à partir d'une image au format .bmp mais il est capable en outre de piloter le scanner.
 
Pour se procurer Digispec : le demander par un courrier électronique à l'auteur
Pour se procurer Mesurim : se connecter par Internet sur le site SVT de l'Académie d'Amiens où le logiciel est téléchargeable.

Noter que Digispec fournit un fichier texte (.txt) qui est ensuite repris dans un logiciel tableur comme Excel pour construire le tracé graphique tandis que Mesurim fournit directement le profil. Noter également que les images ci-dessous ont été créées avec un logiciel de dessin en superposant la piste analysée avec le profil densitométrique et en ajoutant éventuellement des annotations.
 


Analyse densitométrique du sérum humain
(profil obtenu avec Digispec)

Analyse densitométrique du sérum humain
(profil obtenu avec Mesurim)
La comparaison des différents sérums peut être menée par un simple examen visuel des pistes d'électrophorèse, mais la comparaison des profils densitométriques apporte davantage de précision. Sur la figure ci-dessous, on a superposé les pistes correspondant à neuf des dix sérums avec les profils correspondants. Le sérum de chèvre n'a pas été retenu pour cette étude car, s'agissant d'un immunsérum produit pour fournir des anticorps, il était excessivement concentré en immunoglobulines.

L'analyse des profils électrophorétiques montre deux groupes de profils, celui des mammifères et celui des oiseaux. On constate que la sérumalbumine est présente chez toutes les espèces testées avec une concentration notablement plus élevée chez les mammifères. Chez ces derniers, on observe en outre une plus grande diversité de protéines sériques qui montrent plusieurs bandes de mobilité voisine ou identique suggérant l'existence de plusieurs protéines homologues absentes du sérum des trois oiseaux testés.
Noter que le sérum du cheval utilisé ici montre une importante concentration en immunoglobulines.
 

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Profils densitométriques de 9 sérums


  • Midigels Protéines

  • BIOMIDI
    Parc de la Plaine, 35 avenue Marcel Dassault
    31500 TOULOUSE - FRANCE
    05 61 34 07 14 
  • Sérums animaux 

  • SIGMA. L'Isle d'Abeau Chesnes BP 701 - 38297 Saint Quentin Fallavier

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